这天晚上，上条躺在床上辗转反侧，思考着营救加持良治的方案。一直到后半夜，上条才迷迷糊糊的睡着了。周六早上，上条是被系统提示叫醒的，“主人，加持良治开始行动了。”“什么？已经开始了吗？”上条一听这话顿时睡意全无，连忙从床上爬了起来。
上条在房间里换上一身轻便的衣服，戴上一顶棒球帽再带上手枪，便出了门。客厅里碇真嗣和绫波丽在看电视，明日香似乎出门去了。碇真嗣看到上条出来便招呼道：“早啊，大哥…你要出门？”“我今天有点急事，到晚上也可能不会回来。我走了，拜拜。”上条急匆匆地下楼了，而绫波丽却好像看出了什么，她也跟着上条的步伐出了门，所以碇真嗣只好一个人待在家里。
上条走在街上，用余光观察着四周。突然，少年发现在人群中有个女孩在跟着他，是绫波丽！上条停下脚步环顾四周，还好没看见其他人。少年急忙来到少女面前，抓着她的手来到一个小巷子里。“丽，你怎么会在这里？”“我跟着当麻来的。”“为什么？”“我能感觉到当麻你有秘密瞒着我们。”上条见状叹了口气，把事情的全部真相告诉了绫波丽后便让她回去。
“不，我要一起去，我想和你在一起。”绫波丽出乎意料地道，“丽！”少年紧紧地抱住了少女。大街上，一对恋人正牵着手走着。上条脑中有系统提供的地图，上面标出了此次的目的地。这时绫波丽的手突然紧了紧，上条透过前面一辆汽车的车窗反射，发现了两个黑西装。而上条不慌不忙的和绫波丽进了旁边的一家商场。反跟踪第一条：不能让你的跟踪者发现你已经发现对方。
上条和绫波丽在商场里逛来逛去，但对方也不是吃素的，竟然一直跟在后面。两人即使专挑人多和犄角旮旯的地方走也没能甩掉他们。就在这时，两人来到了女装区。这里人声鼎沸，上条和绫波丽走的急，几次险些撞上路人，然而好运不会一直发威。两人路过一个拐角，上条一不小心和一个女孩撞了个满怀，“对不起。”上条刚想和绫波丽离开却看到她的脸，“明日香！”
“当麻？绫波？你们怎么在这？”上条看都不看明日香疑惑的脸色，带着两女一把钻进了旁边的试衣间。“你干什…唔…”上条捂住她的嘴小声道：“别说话，我们被跟踪了。”明日香扒开他的手惊讶道：“你们被跟踪了？”绫波丽悄悄拉开帘子，看到外面的那两个果然跟了过来，在发现失去他们踪迹后，对着领口说了几句就离开了。
绫波丽对上条点了点头，上条松了口气便转头，只见明日香一脸质询：“现在能解释解释吗？”上条和绫波丽对视一眼，确认少女的眼神后缓缓开口。从为何被跟踪再到NERV和SEELE的关系，大量的信息轰炸着明日香的脑袋。良久，“虽然还有些不明白，但是现在加持良治先生处于危险之中，对吗？我和你们一起去。”上条笑道：“你可别拖我后腿。”“你才是别拖后腿呢。”于是在两女的面前，上条拿出了那把明晃晃的沙漠之鹰。
三位小特工乘上了电车，直往第三东京市的偏远地带行去…审讯结束后，冬月耕造被绑在椅子上，关进了一个伸手不见五指的小黑屋里。不知道过了多久，房间的自动门突然打开了。“是你啊。”冬月平静道，“好久不见。”加持帮冬月打开手铐：“外面的人暂时没办法行动了。”冬月：“你这种行为会让你丧命的。”加持：“我只是想追求真相而已，而且把亚当标本交给碇司令的事好像暴露了。”“你这是何苦呢，知道越多只会越痛苦。”
“飞蛾即使知道会死也一样会扑进火焰，走吧冬月副司令，我送你出去。”加持微微笑道。SEELE将他关在一处秘密的军事基地， 虽然表面上废弃了但仍作为SEELE的秘密据点运行。加持轻车熟路地带着冬月来到一处大门前，他一脚踹开大门随即两人走了出去。冬月发现自己在一座山的半山腰上，往远处看还能依稀看见城市的轮廓。“我就送你到这里了，冬月副司令。”加持说。
“你不走吗？”冬月惊讶地看着加持。加持自嘲地笑了笑：“我已经走不了了，无论是NERV还是SEELE，都已没有我的容身之处了。"“那自己保重吧。”冬月叹息一声就离去了。加持转过身便走进了大门，在生命的最后时刻，他希望自己能走的体面点，而且他有些话要对美里讲。他掏出手机，拨通了葛城美里家的座机。
“葛城，是我，当你听到这段留言时，恐怕我已经给你添了不少麻烦…”加持心痛不已，他这一辈子做了太多令自己悔恨不已的事，而最悔恨的事情便是当初分手时没有留下她。但可惜人生没有后悔药卖，现在想这些已经没有意义了。当电话挂断，加持发现自己来到了基地的通风口，透过排风口可以看见外面照进来的夕阳之光，给阴森冰冷的基地添了几分温暖。
加持凝望着这夕阳西下的场景，他突然觉得能在这种环境下死去倒也是个好归宿。就在这时，一个男人从另一边的通道里走了出来。他看见加持便立即从怀里掏出了手枪，黑洞洞的枪口指向加持的胸口。加持良治似乎认识对方：“哟，来得可真够慢的。”说话的语气就好像在与老朋友打招呼一般。然后枪声响起…
“砰”的一声，加持没有倒下而对面的杀手却已经倒了下来。加持惊愕地看着这一幕，他还没明白是怎么回事随后就在通道中，听到一位少年的声音幽幽传来：“好了，来细数你的罪恶吧！”
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