自从击败霰天使并保下三号机后，日子又回复到了往常的平稳。明日香在知道上条的力量后不禁情绪有些低落，两人在相处的这段时间里似乎有了淡淡的情愫。她是个要强的女孩，但上条却是她永远无法超越的对象。好在上条注意到了她的异常，他便与明日香单独相处了几次，终于解开了她的心结。至于碇真嗣嘛…
他知道他的好友这么厉害后表示，无条件信任上条的话。现在上条对他说的话比他老爸说的都管用，基地里的众人知道后经常在那儿八卦，对此上条和碇真嗣也只能一笑了之。这天他们依旧是正常的上学去了，可在中午上条突然接到系统的紧急提示：“主人，有突发状况发生。两小时前加持良治绑架了冬月耕造。”上条顿时惊讶地询问：“怎么回事？他居然绑了副司令！”
“力天使还没来呢，怎么这剧情就开始了？”上条疑惑道。“可能是因为主人过于强悍的实力引起了加持良治的关注吧。”系统解释说。好在上条现在是在学校天台上午休，不然可能会被以为是神经病来着。“到底该怎么办？”上条心中正在飞速思考着对策。
加持良治的身份十分特殊，他是个三重间谍。他既效忠于碇司令又服务于政府内务部，但他真正的身份是动漫中最大反派-SEELE派来监视碇司令的眼线。绑架冬月副司令同样是SEELE的指令，他们打算从他的口中问出碇源堂真正的意图。如果说SEELE是灵魂，那么NERV就是神经。NERV原本是SEELE的执行机构，是用来完成“人类补完计划”的工具，但现在因为碇源堂的领导，NERV正在一步步偏离SEELE的剧本。
而绑架冬月副司令就是一个信号-SEELE终于坐不住了。上条不知道SEELE能从冬月副司令的嘴里得到些什么，他也不关心这件事。上条在乎的是事件接下来的发展。不知道为什么，加持良治后来私自放了冬月，然后就被不明人士暗杀了。至于是碇源堂的人还是SEELE的人不得而知，只是加持良治死的时候十分轻松，就好像早就知道一样，从这点来看他确实是个男子汉。
加持良治一直在寻找第二次冲击的真相，或许在踏上这条不归路的那一刻起，他就已经知道自己必将死无葬身之地，但是这并没能阻挡他寻找真相的脚步，这也是上条敬佩他的原因。他死前把查到的情报放在一个不起眼的胶囊里，在与葛城美里的一次密会中交给了她。葛城美里接过了遗志，继续调查NERV和SEELE的秘密。
上条心中感叹，“主人，需要救他吗？”“救，为什么不救？不过这次的对手不是使徒而是人类，这就有些难办了。”“以主人现在的实力完全可以直接去救援，但我们缺少情报和武器，这不利于行动展开。”“也对，龙王之颚的力量不能暴露。情报和武器这方面嘛…系统你有解决办法吗？”于是系统自动扣了一万积分提供给上条现在需要的所有情报和一把，额，沙漠之鹰。
现在是万事俱备，只欠东风。上条估计现在SEELE还在给冬月副司令训话，所以现在只需要等待，就等加持良治开始营救冬月耕造。到那时，上条只需要像神兵天降一般救出加持良治就万事大吉了。
与此同时在NERV本部，葛城美里的办公室里来了两位不速之客-谍报部的两名特工。他们很没创意地穿着黑西装，戴着墨镜，发型一丝不苟。表情淡然很没礼貌地闯进来，连门都没敲。“打扰了，葛城三佐。我们是谍报部的人。”一位特工掏出证件道。“谍报部的人找我有什么事？”葛城美里十分吃惊，她心中隐隐有不好的预感，每次谍报部登门都肯定没好事。
“是这样的，两个小时前，冬月副司令失踪了。”那名拿证件的特工道，“什么，怎么回事？冬月副司令怎么会失踪呢？你们谍报部是怎么办事的？”葛城美里一脸不可置信。“非常抱歉，这的确是我们的失职。根据现场留下的证据来看，我们怀疑冬月副司令被绑架了。对方十分熟悉我们的工作规律，对NERV的运行机制也十分了解。初步猜测，实施这次绑架的嫌犯是内鬼。”
“你们已经框出嫌疑人了吧。”葛城美里很快知道了对方的意思，目光灼灼地道。“没错，根据分析，最大的嫌疑人就是加持良治。”虽然葛城美里已经隐隐约约猜到了，但亲耳听到他的名字时，心里不禁“咯噔”了一下。她慢慢闭上双眼然后深呼一口气，即使再怎么嘴硬她也无法否认，她还爱着那轻浮又邋遢的他。良久，葛城美里才睁开双眼，神色十分淡然。
“我明白了，鉴于我和他的特殊关系，你们怀疑到我头上也是理所当然。”葛城美里拿出了身份卡和配枪，放在了桌子上。特工：“您能配合，我们十分高兴。”然后，葛城美里就被两位特工带走了。过了几小时，上条与绫波丽、明日香和碇真嗣坐在了回家的电车上。腰间插着把货真价实的手枪，上条觉得这像是在拍特工片。
等三人回到家里却发现葛城美里还没回来。对此上条并不惊讶，她现在应该已经被谍报部控制住了，当然不可能回来。明日香在旁边一脸不耐烦的打着电话：“真是的，美里的电话打不通啊。”碇真嗣微微皱眉：“平常美里小姐晚归或是不回来，一定会打电话回来的。”“不行，打不通。”明日香放下了手机，“要不我再打一个试试？”碇真嗣掏出了手机。“算了吧。”上条突然开口。
绫波丽、碇真嗣和明日香看向上条，“美里姐今晚不会回来，或许明天也不会回来。”“你怎么知道？”三人同时问道。“我在今天中午接到美里姐的电话，她说她有很多工作要做，一时半会儿脱不开身。”“这样啊，那咱们就先吃饭吧。”碇真嗣和上条对视一眼便同时走进了厨房，两人边做菜边小声交谈着。
绫波丽没有多想便回房间了，而明日香却微微皱了皱眉。她既不像碇真嗣那样无条件信任上条，也不像绫波丽那样单纯地依赖着上条。她是个很聪明的女孩，她似乎从上条的话里感受到一股不同寻常的气息，那是一股充满危险与阴谋的诡异气息。她拿起手机打给了加持良治，但却也没有打通。明日香看向厨房的那道身影。
“当麻，你到底知道些什么？为什么要瞒着我、笨蛋真嗣和洋娃娃呢？”
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