在亚洲邦联统一战争时期，由吴伟、杨卿煜建立的组织。是一种兄弟会组织，追求神的存在和莉诺亚·里昂哈特。会员包括众多著名人士和政治家。分布地区遍布全球绝大多数国家，但是并没有统一管理中心，在全球分为不同的体系分支各自独立运作。
金色瑕疵的基本目的就是从神那里带回莉诺亚·里昂哈特和预防神侵入人界。而组织分为执行部和监视者。执行部的总帅是吴伟，而监视者的总帅是杨卿煜。监视者的总帅可以罢免执行部的总帅，但是在杨卿煜死亡过后，监视者组织已经失去了罢免执行部总帅的权力。
基本加入金色瑕疵的人都有自己的想法，每个人都想利用这个组织来得到一些东西。而吴伟也不拒绝这些人加入，所以金色瑕疵的成员布满了整个世界。而作为总帅的吴伟也可以利用这些人脉来进行各式各样的计划。
而在以吴伟为中心的领导阶层，则是拥有一套独到的计划。通过开启巴别塔的方法来带回莉诺亚，然后利用莉诺亚得到的神知识来改造这个世界。
组织成员
吴伟：总帅、吴清羽的父亲
吴清羽：杰内西斯共和国最强杀手（脱离）
吴盛雪：吴清羽的妹妹、人造巴别塔钥匙（脱离）
约翰·希尔顿：圣安德鲁斯学院学生会会长、希尔顿家的遗孤
佐藤杏奈：跨国企业佐藤株式会社的最大股东
里昂那多·阿沙文：新十字军圣座教国教皇
赛德·哈斯特：新十字军圣座教国破禁者、天启四骑士
芙洛薇·洛瓦：新十字军圣座教国修女会成员、破禁者
提瑞尔·奥斯瓦德：杰内西斯共和国谍报部副局长、奥斯瓦德家族家主
杨茜麟：亚洲邦联谍报部成员、监视者
威廉·德威斯：杰内西斯共和国尉官、吴清羽的上司（已死）
扬·米列夫斯基：新罗马帝国军情局局长、圣安德鲁斯学院校长（已死）
米开朗·德米尔：杰内西斯共和国联邦院议长、杰内西斯谍报部创始人（已死）
杨卿煜：亚洲邦联谍报部局长、监视者总帅（已死）
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