开端：在技能型卫国战争结束过后，梵蒂冈配合着新十字军强大的军事实力控制了欧盟，之后完成了欧洲的完全统一。但是在统一过后，教国只是维持了欧盟现存的松散的联盟，而且在颁布了很多极富宗教倾向的政策，所以导致国内出现分裂思潮。
分裂前奏：杰内西斯卫国战争结束两个月，新十字军圣座教国教皇——本笃十七世同自己最优秀的几个主教为争夺教皇任免权发生激烈斗争，这不仅是争夺教会控制权的斗争，也是中央同地方分离主义势力的斗争。同时因为这一次的争夺战，虽然几个主教失败了但是他们却开始组织革命，打算推翻梵蒂冈的统治。
自伤手脚：而教皇为称霸大西洋圈，以宗教理由多次入侵统一美洲大陆的美国，旷日持久的战争消耗了教国的实力。在卜尼法斯二十世统治时期，中央权力衰落，国内各地缺乏经济联系，教国成为承认教皇最高权力的各公国的松散联盟。
架空教皇：在结束了对美国的远征后，教皇对其直辖领地外的地区已经没有了管辖权。在后一年，英国首相——查理·德威斯颁布律法，确认教皇须由七大选帝侯推选。虽然梵蒂冈极度抗议，但是从律法颁布后，法国、德国等等国家都宣布支持。新十字军圣座教国已成为徒具虚名的政治组合。
覆灭：在看到权力不断的消失，教皇马克西米利安一世试图重振教国，但遭到教国以外的所有国家的打击，虽然梵蒂冈疯狂的使用精锐的新十字军反抗进攻，但是开战五个月后，梵蒂冈还是被起义军包围。在这之后，马克西米安一世被罢免，新推举的教皇宣布其他国家的独立。新十字军圣座教国覆灭。
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