背景：一个现实生活完全不相同的世界中，距地球约8个亿光年的叶特星系的中心。叶特星，一个诞生人族的星球。虽然处于星系中心，但不是恒星。它的一个附属星球，一个创世之庭上，刚刚打败来自地球的侵略者氪森的戾天一行人，戾天因为在战斗中没有就下奈音，自己的内心将自己关于奈音的一切记忆封闭，脑子控制着视网膜看不见奈音。奈音虽然受重伤但是没有死，看到戾天这般摸样便找通灵圣光求助。通灵圣光利用几千年前的程序，在程序世界创造了奈音，又害怕戾天在那个世界还看不到奈音，于是把奈音分成了四个独立人格，以及不同的身份，为了帮助戾天，把戾天转化为程序进入程序世界。而他们在自己的世界中静静等待着戾天的回归。
过程：在冬大陆的隐蔽实验室苏醒了之后，按照通灵圣光的指引来到了艾特修姆学院，成为了中级班的学生。这个世界有一种强大的寄生体，人们称它为卡赞。艾特修姆学院组织了一次大型讨伐。在讨伐过程中，戾天结识了高级班的爱丽克丝。两人聊得很开心，由于通灵圣光让戾天带回奈音，并说奈音是他的女朋友，只是被困在那个世界。戾天并没有将爱丽克丝的感情向另一个方向发展。后来在讨伐过程中爱丽克丝被卡赞吞噬。戾天再次自闭。
过了几个月，戾天在一次完成任务后，在麦田中休息，思考着关于奈音的事。因为天色已晚，大叔（麦田的主人）招待了他。他又结识了蒂那，两人一见钟情，打败蒂那家中的卡赞寄生体后，睡觉前听见蒂那的哭泣声，疏导了她一番，并带她去遥远的海边看海，对她说了自己的一切，蒂那也倾诉了自己的一切。
第二天，要去学校了，戾天载着蒂那来到艾特修姆学院附近。正当蒂那对戾天表白之际，他们遭受了卡赞的袭击。戾天与蒂那双亡，但戾天被名为阿雅的阴界使者所救。打败了卡赞，却发现卡赞是一个被附体的曾经一起战斗的卡洛特，在现实生活中的通灵圣光指导那个世界的戾天用程序救了蒂那。原来蒂那与爱丽克丝分别占了奈音的88%与7%。战斗太激烈戾天受伤，所以与蒂那随便找了个宾馆睡觉。
几周后，期中考试刚过，戾天与蔓陀罗花被分到了一个宿舍。学姐已经死了，戾天总是这么想，但她又出现在戾天面前。她约戾天晚上到天台。戾天正疑惑之际，天空中出现两个打斗的人影，刚想去看学姐又出现在他的面前，学姐与他一同到达那个地方，却早已没有人。学姐与戾天道别，但被卡赞吸收力量。戾天与蔓陀罗花一同打败了卡赞，也同时集齐了“秒、分、时”针三把剑。学姐也被名叫阿雅的女孩救活。
学姐参加了剑士大会并成功取胜，戾天与学姐一同去原来讨伐的地方取一把被封印的剑。从而遇见了奈音。所说是奈音，但只是占奈音总人格的4%。戾天把秒针给了奈音。学姐也取了剑。现在戾天只有一把剑了。
寒假到了，蒂那与戾天一起去蒂那家，却没有想到蒂那的名义未婚夫在家，未婚夫要求与戾天比试音乐，；戾天考虑了很久，但还是答应了。最终戾天胜出，但却发现“未婚夫”一家都是卡赞，卡赞被戾天的音乐所消灭。
新学期开学，因为戾天只有一把剑所以蒂那提出去秋大陆找第一任霸王（皇帝）的剑。过程很艰辛却发现了惊人的秘密，自从复活之后的蒂那恢复能力莫名强大。
春天到来，万物复苏。蒂那不知为何“**”了。戾天在阿雅的帮助下，成功杀死了大多数在蒂那身体中的卡赞，但没有消灭干净。因为如果那样，蒂那会再次死亡。
一整个学期过完了，戾天他们迎来了修学旅行，要去的地方是夏大陆，他们在那里发生了许多有趣的事情。
学姐毕业了去往城堡做剑士。蒂那因为在修学旅行中，爱丽克丝走之前与戾天亲吻而生气。戾天无奈之下，在全校的注视下表白真心。没想到奈音突然出现打破这长期的和平……
在通灵圣光的世界，有三大神器又名“三龙”，戾天有一把，而剩下的其中一把的拥有者凯撒要抢另外的两把。绝巘与通灵圣光一行人关系很好，他也有一把，他本想与戾天一起打败凯撒，但是戾天却在那个世界。有一个想侵略叶特星的团队复制了绝巘的能力制造了一个武器杀手——幻瞳。叶特星危在旦夕。
转眼看向戾天的世界，霸王氪森处死了元老，只因为他赐了奈音与赛尔德的婚。霸王氪森派爱丽克丝暗杀赛尔德。这些事奈音并不知道，奈音本想与戾天通过某种方式生米煮成熟饭，但被戾天拒绝，好在赛尔德死了。但是赛尔德被卡赞复审，开始了他的复仇计划。
赛尔德借助卡赞的力量杀光了贵族，连自己的父母也不放过。奈音在戾天的帮助下平安无事，学校因为这件事要停课。蒂那回家儿戾天保护奈音。戾天的目的只是通过霸王的传送门回到原来的世界。赛尔德又逐个击杀了暗杀小镇的人，城堡中的剑士们开始反击，其中就包括爱丽克丝，还有奈音马上就要净化赛尔德之际，霸王氪森用一颗子弹了解的赛尔德。并想借机除掉戾天。霸王在要动手的前一秒，有一个熟悉而又陌生的人出现了。
蒂那在离开戾天后回到家，过了几天安逸的生活，但是她的家被陨石毁灭，家人也都走了。空虚感激怒了蒂那，蒂那的力量通过卡赞而放大。开始复仇整个世界，她的第一个目标就是戾天。
蒂那出现在要杀死戾天的霸王面前，吞下了霸王、爱丽克丝和奈音。吞完两个人后，他们的7%和4%与蒂那的88%结合成99%，戾天也被这个新的蒂那杀害。
现实世界的通灵圣光发现后，立马把自己传送过去，变成了三夕，与阿雅一起就下了戾天。他解除了戾天的能力限制，戾天说出了实情。戾天要去救蒂那，而三夕与阿雅要去讨伐卡赞。
现实世界受到凯撒的攻击。三夕与卡赞约定可以让它们来自己的世界。戾天用语言宝石记录了自己要对蒂那说的话。解救了蒂那后与她告别，和三夕回到现实生活中。
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