上条心急火燎地驾驶初号机快速奔跑着。眨眼间便冲到了NERV的“金字塔”前。因为刚才的“暴力破障”，所以已经被毁得面目全非。塔尖已完全不见了，只剩下一个基座，而基座中间是个巨大的深坑，是初号机撞出来的。上条来到大坑边上就毫不犹豫地跳了下去。
最终教条区，第二使徒莉莉丝，这位人类的母亲只剩下上半身的身体。像是圣经中的耶稣一样被钉在一根巨大的红色十字架上，真正的朗基努斯之枪就插在她的胸口。蓝白相间的校服、黑色的袜子与白色的学生鞋整整齐齐的摆放在一边，绫波丽就这样“站”在半空中，漂浮在莉莉丝的巨大身体前，仰头看着她真正的母亲。
绫波丽脸上十分罕见地充斥着悲伤，红色的眼眸中泪水在打转，仿佛在与自己最亲的亲人告别一样。绫波丽的嘴微微张开但却发不出任何声音，莉莉丝的七只眼睛看着绫波丽，最终教条区里寂静得可怕，绫波丽和莉莉丝仿佛在进行无声交流。
就在这时，绫波丽的身后突然传来一声巨响，初号机从天而降并直接落在LCL之海中，打断了两者之间的“交流”。上条落地后就看到站在莉莉丝面前的绫波丽，连忙从驾驶舱里爬出来并站在初号机右肩上大喊一声：“丽！不要！”绫波丽慢慢转过身，看到上条后脸上露出惊讶的神情。
“丽！住手！等等！”上条边喊边显现出黄金双翼，转眼间便飞到绫波丽身前，直接把她搂进怀里。“我不知道这样做是否正确，但是，丽，你能留下来吗？大家都希望你留下来，包括我也…”上条紧紧地抱着绫波丽，而她也慢慢伸出手抱住了他，“我不会走的。”上条一听便松开手，两人面对面道：“你真的不会离开吗？”
“我不会走的。”少女清雅的脸上露出一丝微笑。上条这时才注意到绫波丽没穿衣服：“等等，丽，你怎么…”上条连忙带她降落到地面，在上条面色通红地转过身后，绫波丽带着微笑穿好了衣服。“丽，我有一点很好奇。既然你已经知道自己来自莉莉丝，为什么会选择留下来？”“因为羁绊，其实我本来是想回归的，但当我意识到再也见不到当麻、真嗣君和大家时，心口就痛得不得了。所以我才会选择留下来。”绫波丽微笑道。
“看来我是白忙活一趟啊！”上条感叹道，“不，你并没有白忙活哟，当麻！”绫波丽甜甜地说：“你能来找我，我很高兴，今后我们也要永远在一起！”“当然，永远在一起！”两道身影紧紧地搂住对方，不分彼此。“恭喜主人完成第一至第三主线任务，奖励为：真正的心灵，十五万积分。”系统提示道，这时二号机和三号机也到了。
他们俩看到上条和绫波丽后连忙跑过来，“大哥，绫波，没事吧？”碇真嗣担心道。“真嗣，明日香，赶快从EVA里出来，我有重要的事情要说。”上条说完便转头看向她：“丽，关于你的真实身份…”“我知道，我也不想再隐瞒下去了。”绫波丽会意地点了点头。等碇真嗣和明日香都来到他们旁边时，明日香疑道：“优等生怎么会在这？当麻你肯定有事情瞒着我们吧？”“让丽自己来说吧。”绫波丽迎着两人的目光缓缓开口：“其实我是…”
上条在这之前就在犹豫这事，但上条认为自己不能代替丽来说，而绫波丽选择说出真相。在她说完后，碇真嗣和明日香目瞪口呆，在一起相处了这么久的战友和朋友竟然是人造人！“你们不用多想，不管什么时候，丽还是丽。这点永远不会改变。”上条出来打了圆场，明日香渐渐冷静下来：“我觉得没什么，英雄不问出处。”
这倒是上条意料之中，但以碇真嗣的性格来说…“绫波是我母亲的克隆人，岂不是说绫波就是我母亲！”上条瞬间满头黑线，明日香也是一脸无语，“我是觉得没什么啦，但一想到绫波使用的是我母亲的DNA就有一种叫她妈的冲动。”“如果真嗣君喜欢，我不介意。”然后上条和明日香如同雕像一般石化并碎了一地。
四人打打闹闹的又聊了几句便准备离开中央教条区了。临走前，上条看见绫波丽正仰着头看着莉莉丝，她的眼神中充满了悲伤。“丽，莉莉丝以后怎么办？”上条来到绫波丽旁温柔道，“这个世界已经没有母亲的容身之处，或许在这里沉睡是最好的选择。”最后，绫波丽眼含泪光地看着莉莉丝，深情告别：“再见了，母亲！”
四人回到大厅后受到了迎接英雄般的欢呼。上条惊讶地看着那些不认识的工作人员一个个走过来致敬，他们目瞪口呆。葛城美里走过来说：“感谢你们救了NERV，这是你们应得的。”一旁的赤木律子也一脸赞赏的表情，“我感觉好饿啊，有吃的吗？”葛城美里看看上条又看看其他三人，无奈苦笑：“那就吃些泡面吧。”
大战刚刚结束，打扫战场，统计损失，救护伤员…有太多事情等着一众高层去解决。最高会议室，所有的核心人员聚集在一起，讨论着接下来的对策。“这次作战对本部的直接破坏超过50%，想要短期的恢复根本不可能。”日向诚道，青叶茂：“人员伤亡超过一半，守备力量溃不成军，现在防御完全依赖于四台EVA。”“初步估计，光是清理战场就需要三天。如果要维修重要管道和通道，至少要一个月，但是资金完全不足以维持。”
伊吹摩耶刚报告完，“这些不是重点，重要的是和政府取得联系，澄清NERV的清白。”碇源堂刚说完，葛城美里犹豫了一下便道：“司令，我向您推荐一个人，他也许可以帮你做到这点。”碇源堂冷冰冰地问道：“他是谁？”“加持良治。”葛城美里的目光直射向碇源堂。
在NERV仅剩的一个停机坪上空，一架黑色直升机缓缓降落。从上条往左看去，绫波丽、碇真嗣、明日香、碇司令和葛城美里，今天来到这里是为了接一个人。舱门打开，一个帅气又略显邋遢的男人走下来，葛城美里看见他不禁露出笑容。碇司令率先走上前去：“没想到你竟然还活着。”加持良治笑了笑：“多亏吉人相助。”随即看向上条，“又是他！”碇源堂心里一惊。
此时，从直升机上又下来一位银发少年。“上条，真嗣君，好久不见！”来者正是渚薰。三位少年再度聚在一起谈着各自最近的情况。上条：“薰，加持先生和政府那边联系上了吗？”碇真嗣也看向渚薰。“放心吧，加持先生凭借当年工作时留下的一些关系，已经成功搭好线了。”这时碇司令和加持良治过来，渚薰便跟他们一起离开了。三人整整谈了一天，具体是什么不得而知。
三天后，碇司令、冬月副司令、加持和渚薰准备动身了。临行前，NERV的一干人等前来送别。“接下来NERV就交给你们了。如果我们回不来，你就是下一任司令，赤木是副司令。”葛城美里和赤木律子的纤腰挺的笔直：“明白！”这时，上条陪着碇真嗣来到他们面前：“父亲，一路保重！我会等你回来的！”而碇司令也看着已经长大的儿子：“我不在的时候，你要保护好大家！”感到父亲的认同，碇真嗣高兴道：“我会的！”
然后加持和渚薰对他们俩报以微笑，四人便登上直升机。直升机在螺旋桨的带动下缓缓升起，向着远方迅速飞去，渐渐消失在众人的眼睛里。上条、绫波丽、碇真嗣、明日香同时向远方挥起了手。
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