等上条再度醒来的时候，映入眼帘的是一片陌生的天花板。“你醒了，上条君。”葛城美里关心的问道。上条下了床后活动活动腿脚：“美里姐，我怎么会突然晕过去？”“医生说这是精神虚脱。”上条略一恩索便明白了，因为刚得到新力量，再加上与使徒作战的疲惫，所以才会导致他在驾驶舱里晕倒。紧接着他打量四周…
“如果我没猜错，我被软禁了吧。”葛城美里沉默着点了点头，似乎因为没能保护好上条而心感愧疚。上条倒是没什么感觉，因为他现在是使徒。以碇司令的冷酷无情没有把他就地正法再切片研究就谢天谢地了。突然，上条注意到自己脖子上有个金属项圈，“美里姐，这应该是遥控炸弹之类的吧。”“是的，开关在碇司令手上。如果…你有过激行为的话…对不起上条君，我不是一个合格的监护人。”葛城美里说完就陷入深深的自责中。
看着她灰心丧气的模样，上条出言安慰：“美里姐，你不必太自责。因为我情况特殊所以把我软禁，我也理解。还有注意休息，你眼睛里都出现红血丝了。”葛城美里抬起头：“嗯，我先回去工作了。我一定会还你自由的。”“我等你。”虽说被软禁了但上条却并未感到失望或愤怒，相比那些糟糕的情况，软禁反而是最好选择。
上条看着这应有尽有的房间，除了那随处可见的摄像头被他选择性的忽视了。反正现在没什么事做，所以上条决定熟悉下新力量。等等，自己现在好像既是莉莉丝的后代又是亚当的后代，那岂不是说自己是“神”了？“系统，你觉得呢？”“从这个意义上来说确实是，不过也仅限于这个世界。”让初号机成神或者说是让碇唯成神，这也是碇源堂计划的一环，不过嘛…
碇唯没成神，他上条倒是成神了。“主人，如果你再吸收一个使徒的力量，就可以把使徒之力完美融合并发挥。”上条一听便想到了最后的使徒-自由天使。过了一会，上条在大厅里站定，双手一推，一道金色的八角形屏障瞬间出现。接着，屏障消失的同时在上条的身后出现了一对金色的华丽翅膀！上条控制着双翅飞了起来。
几分钟后，上条已经能熟练操纵翅膀了。“朗枪确实厉害但外形有些奇怪，应该变出个适合近战的武器。”上条落在地上后心神一动，手中金光转眼间便形成了一把金光闪闪的武士刀。上条抓着刀在房间里舞动着，一招一式，一往一来，毫无破绽。如果有懂行的人在这，肯定会认为他是一个久经沙场的剑法大师。
与此同时，NERV深处的某个房间，冬月副司令面色深沉地站在一个巨大的屏幕前。画面上显示的正是上条舞刀的场景，在冬月身后的自动门突然开了，碇源堂神情冷漠地进来了：“第四适格者怎么样？”于是冬月慢条斯理地把上条从“黄金双翼”到“黄金武士刀”的过程说了出来，还补上一句：“他起码是日本剑道八段高手。”
“他没有过激行为吧？”“没有，这孩子基本上都在熟悉新力量。冷静得吓人，没有任何的情绪波动。碇，你打算怎么处理他？”“先让他这么呆着吧。”此时上条躺在床上，一直维持AT力场很累人的。少年慢慢进入了梦境，一片金色的沙滩，天空清澈蔚蓝，明媚又温暖的阳光从四面八方扑面而来。在海岸上站着一个一袭白裙的女人，上条看见她惊道：“你是，唯阿姨？”
她慢慢转过身：“你来了，上条君。”“你认识我？”“当然，你是真嗣的好友，我一直看着你呢。”碇唯温柔的笑着。上条略一思索：“这里难道是初号机的内部？我可以进来肯定也可以出去，那唯阿姨，跟我一起回去人间吧。”出人意料的是碇唯摇头拒绝了：“不行，第三次冲击的预言还没有结束，我还不能离开初号机。”“如果我阻止了第三次冲击呢？”碇唯显然没料到少年拥有这样的勇气，她伸出手抚摸着上条的脸颊，温柔道…
“如果真有那么一天，当一切结束的时候，你再来接我吧。”场景渐渐模糊，上条从沉眠中苏醒。“系统，刚才是怎么回事？”“恐怕是主人过强的精神力无意间进入了初号机内吧。”“系统，给我一张碇家的合照。”这次没花积分上条就得到了，他把照片往摄像头上一举，没过多久门外就响起了急促的跑步声。碇源堂和冬月耕造气喘吁吁的走进来，还没等他们发问上条就严肃地道…
“碇司令，如果我能救出唯阿姨，你可以放弃你的计划吗？”惊讶、开心、疑惑…各种感情混杂在碇源堂的脸上但只有一瞬间，他便恢复了严肃的脸色。冬月目瞪口呆的看着少年但随即也冷静下来，因为上条的话触动了他们最敏感的神经。“上条君，你到底知道些什么？”他目光死盯着少年，于是上条从“第二次冲击”一直讲到“初号机和碇唯的关系”，说一个，冬月的脸就抽搐一下。
冬月脸上露出难以置信的神情，声音颤抖地道：“你怎么会知道这些，难道你是SEELE的人？”“不是，我只是NERV的驾驶员，对了还有…”上条告诉了他们“碇唯托梦”的事，“唯她真是这么说的？”碇源堂严肃道，而上条肯定地点了头，两位男人与一位男生的目光交织于此。几天后的上午，碇真嗣来到了市立第一中学。
这里什么都没有了，碇真嗣心中感慨的同时在废墟间走着，突然身后传来一阵声音：“笨蛋真嗣，你还算准时。”他回头一看，明日香朝他走来。碇真嗣之所以来这是因为明日香邀他来这，“叫我来这做什么？”明日香：“有些事想和你商量。”“在家里不能商量？”碇真嗣眉头微皱，“笨蛋，你是真傻啊！天晓得NERV在家里哪个犄角旮旯的地方安了监视器。”明日香信誓旦旦道。
“不会吧！”碇真嗣吓了一跳，“所以说你是笨蛋。”明日香叹道。“那么找我要商量什么？”明日香警惕的观察着旁边的动静：“关于当麻的事。”“大哥！”碇真嗣立马露出担忧的表情：“我当然担心他，被谍报部的那帮人带走后就没了消息。”“那么你认为他还活着吗？”明日香的话顿时让他寒毛倒竖，他撞上她无比认真的目光。
“你是认真的！”碇真嗣颤抖地道，“当麻现在已经是使徒了，你觉得活着的使徒会有多大的研究价值？你觉得你父亲会轻易的放过他？”听到这话的碇真嗣脑袋里浮现出…一个手术台，上条躺在上面已没了生命气息，旁边有科研人员在取他的器官。他吓得蹲下来，随即就如同抓住救命稻草一般站起来：“我们该怎么做？”明日香笑道：“你以为我这几天都在干嘛？计划我都已经想好了，我们就…”突然，他们身后传来“哗啦”一阵声音。
“谁在那？”明日香大喝一声，随即一位穿着校服的少女出现在他们面前。“绫波？你怎么在这？”碇真嗣吃了一惊，“我跟踪你来的。”绫波丽面无表情道，“什么？你跟踪了我？”碇真嗣满脸尴尬，“笨蛋真嗣，你怎么能蠢到这个地步？居然被优等生跟踪！”明日香把碇真嗣摇得头晕眼花才放手，“我们刚刚说的话你都听到了吧？你想怎么样？”明日香目光凌厉地盯着绫波丽道。
“我要一起去救当麻。”绫波丽此话一出，明日香就问道：“真的吗？”“当麻给了我温暖，给了我幸福，身为他的女朋友当然要去。”绫波丽斩钉截铁道。明日香一见这情况便道：“好吧，我答应你。还有笨蛋真嗣，你给我行动麻利点。”两人一听便露出笑容，“咱们这个临时救援小组就算成立了，姑且我算是队长。”明日香道。
看看两人没反对意见，明日香又说：“我已经查到当麻被关在NERV本部第四层的F区，但是进入那里需要特殊的身份权限。驾驶员的ID卡不行，所以我们需要一张高等级的ID卡。”话音刚落，“我已经拿到了。”绫波丽举起一张红色卡片，卡片上面的头像竟然是赤木律子！“我在检查身体的时候偷偷拿了出来，应该不会被发现。”
这当然不会被发现，谁能想到绫波丽居然会去偷东西！“真厉害啊，绫波。”碇真嗣惊道，“此外，我还知道当麻被关在F区的哪里。”绫波丽将卡放回口袋，“你怎么知道？”明日香疑道，“我偷看了赤木博士的电脑。”绫波丽又道。“绫波好像间谍啊！”碇真嗣深感佩服，“好吧，既然这样咱们今晚就去救当麻。”明日香略微有点不爽。“今晚？”“如果你不想看到当麻被切片的话。”
晚上，到了约定的时间，三人偷偷来到了NERV本部的四层。虽然本部24小时都是灯火通明，但现在很多人都已经睡了，整个基地就像一座死城。三人小心翼翼地来到F区，在大门上的刷卡器上刷了ID卡后，一道望不到尽头的走廊出现在他们面前。绫波丽带着他们在迷宫一样的通道里转了好几圈，最后在印着NERV标志的大门前停了下来，“就是这里了！”绫波丽有些激动地说。
“怎么一个警卫都没有？”碇真嗣疑道，“废话，普通的警卫打得过使徒吗？其实现在的最强警卫是咱们三个，只可惜咱们叛变了。”明日香自豪道。绫波丽用ID卡在刷卡器上刷了一下，“嗤”的一声，自动门缓缓打开。绫波丽、碇真嗣和明日香看到了里面的景象，只见上条赤着上身，手拿一把金色武士刀，正在练习剑法。
“你们怎么来这的？”上条刚打完一套剑招就发现门口的三人，“大哥你没事啊，太好了！”碇真嗣拍着胸脯喘了口气。“当麻！”绫波丽直接扑进了上条怀里，“我好想你啊！”“我也想你啊，丽！”少年紧紧搂住少女，而少女也依偎在少年怀中。而明日香却在一旁看得双眼直冒火。“可恶的优等生！”
其实碇源堂和冬月耕造早就发现他们的小算盘了，当然，也是为了给上条离开监控室找个借口。
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