对于巨人的消失方式，指挥室里的众人虽然有些诧异但还是分的清事情的主次。第一时间内就对绫波丽展开了救援和对零号机进行回收，至于刚刚出现的那个巨人自然由基地里的核心科学人员展开研究。果然他们的科学家不是吃素的，只经过很短的时间便发现了端倪 。
美女科学家赤木律子道：“刚才我把整个东京市的摄像头的录像调了出来，并且有所发现。”“说说看。”葛城美里好奇道，此时碇司令也来到了众人旁边，准备听听她的意见。“大家请等一下。”赤木律子打开了屏幕，很快便找到了一段录像。录像开始播放，只见画面上出现了一位身着校服的年轻学生，赫然便是上条当麻正在往零号机与水天使的作战地点跑去的身影。
“这是市立第一中学的校服。”葛城美里分析道，“如果没错的话，就是丽所在的那所中学的学生。”“你们看接下来的画面。”赤木律子指向了屏幕。只见那屏幕上的身影停了下来并露出了正脸，嘴里似乎说了些什么，然后举起了左手，右手交叉在左手上的一个奇怪的护腕上，随即一道白光闪过，少年消失在了他们的面前。
紧接着，赤木律子又调出一段录像“你们再看接下来的画面。”天空中出现红色漩涡，银色光球飞出，巨人现身。看这两段视频的时间，几乎是在少年学生消失的一瞬间漩涡就出现了，这两者之间会不会存在某种联系呢？“这个学生消失之后巨人就出现了。你们说这两者之间会不会有些关系？”赤木律子提出自己的问题。“这可能吗？他只是个学生。”葛城美里却微微皱眉道。
“如果他只是一个普通的学生，为什么会有勇气跑向与使徒作战的地点？”赤木律子疑问道：“还有他的出现与消失，几乎与巨人出现的时间一模一样，这难道是巧合吗？”“美里，你去学校调查一下他的资料，记得要秘密调查。”碇源堂下命令道。葛城美里点了下头又说道：“司令你的儿子也快来了吧？”“嗯。”碇司令用毫无感情的语气道：“到时候你去车站接一下他。”
而在基地治疗室接受治疗的绫波丽已经苏醒了，刚醒来身体上就传来一阵剧烈的痛感，显然之前作战时受到的伤害无法在短时间内恢复。她下了床，走出了治疗室找到了葛城美里，询问自己昏迷后的情况。她直接调出了录像并把作战时的状况简单说明了一下。看到屏幕中出现并营救自己的巨人，绫波丽小小的惊讶了一下。
葛城美里并没有把上条消失的画面播放出来，也没有告诉她调查学生的事情。绫波丽也没有多问就离开了基地，只是想到那个击败使徒的巨人就不由得想谢谢对方。如果不是巨人的话自己可能已经死了。绫波丽直接坐电车回到了旧城区自己住的地方。她刚躺在床上不久便听到了敲门声。她刚下床打开门就看到少年的脸。
站在门外的正是上条，他看着绫波丽手上缠着的绷带便担心道：“丽，你受伤了！”“嗯。”少女看到前来的是上条也稍稍惊讶了一下。“学校有记录你家的住址，下午你一直没来上课所以我就来看望一下。”上条笑了笑道。上条打量着房间，窗帘都被拉上所以房间很是阴暗，地上有很多垃圾没有打扫，枕头边上还放着染血的绷带。随后他注意到少女的手臂和右眼都受了伤。
“你的伤是不是很严重？”上条扶着绫波丽坐到床边关心地问道。“没事。”少女显然不是第一次受伤，但少年听到那毫无情感波动的话语后心中莫名一痛。“怎么可能没事！都已经成这样了！”上条的语气有点激动。“没事的。”但话还没有说完便被少年伸手打断。“我来帮你疗伤。”上条的右手放出柔和的银光，照耀在了少女的身上。绫波丽还没反应过来就感觉到伤痛渐渐地消失。
少女的脸上浮现出一丝惊喜又意外的神色，而这时候上条已经放下了右手。“解开绷带看看吧，你的伤应该已经痊愈了。”上条微笑道。绫波丽依言拆开了手上的绷带，露出纯白如雪的肌肤，伤口已经完全恢复，连一丝痕迹都未留下。她揭开右眼上的眼罩，用手指轻轻碰了下眼角，已经感受不到任何的疼痛了。
绫波丽的脸上泛起一丝仿佛能够融化坚冰的微笑。她惊讶地询问道：“上条同学，你是怎么做到的？"上条微笑道：“你可以认为这是一种治疗魔法，还有以后不用这么叫我，叫我当麻就可以了。”“谢谢你，当麻。”少女清雅的面容显得十分欣喜，虽然她从不在意自己的伤势但没人喜欢带着一身伤，只是她从未表现出来罢了。
“不用谢，我们是朋友。”“嗯，我们是朋友。”两人相视一笑。“如果我没猜错的话，你是去与使徒战斗才受的伤吧。”“嗯。”在绫波丽看来两人是朋友所以不需要隐瞒。上条正色道：“我不希望你再去战斗。”“不行的，与使徒作战是我的使命。”少女摇了摇头，上条见状也没有再说什么。他环顾四周道：“我帮你打扫房间吧。"还没等少女开口，他便开始了房屋大扫除。
上条在家务活上是把好手，很快房间便变得一尘不染。他拨开窗帘看到天色渐暗便回头道：“丽，今天晚餐我来做吧。”“谢谢。”少女微笑道。很快餐桌上便摆上了菜肴，虽然厨房的素材不多但凑合一顿还是足够的。绫波丽吃着上条精心制作的简单而又美味的晚餐，心里泛起阵阵甜蜜。上条看着她的微笑，忍不住坐到她的身旁道：“丽，做我女朋友吧。我会保护好你的。”
少女突然被表白，有些手无足措地道：“我能保护好自己的。”“傻瓜，如果你能保护好自己的话那今天就不会受这么重的伤了。我喜欢你，丽，做我女朋友吧，我会永远保护你的。”看着少年那真诚的语言和温柔的脸庞，少女脸上再度浮现出一丝微笑：“嗯。”上条听到这句话不由得伸出手来，温柔地抱紧了绫波丽。而少女也慢慢伸出手，搂住了少年的腰。
夜幕降临，月亮初上，皎洁的月光铺撒在了东京市里。一道光芒照进窗户，照在那紧紧相拥在一起的少年与少女，似乎在为这对恋人做着虔诚的祈祷。
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