开篇
西历22XX年，诸神黄昏事件结束，人类少女科学家雪儿带领人类和半机械人共同建立新家园ZeroRegion，虽然人类和半机械人间的矛盾终被瓦解了，但异常者还是频繁来犯，原本是为了大家能更好地生活的伊甸计划，却成为Sinister野心的玩物，Sinister被野心支配，迷失自我，竟解析利用了Zero体内的病毒，使越来越多的半机械人异常化。这一切都发生在数月前，而在更早之前，雪儿曾亲率调查队前往诸神黄昏遗迹勘探调查，采集了一种载有神秘能量的金属，雪儿将它取名为ModelV，她相信ModelV能够有效遏止异常事件的发生，于是就带回基地秘密研究，在Sinister事件结束后的某天，雪儿启动了ModelV计划……
（剧情动画：新ZeroRegion总部，通向最高处的电梯中…）
谢鲁弗：“数月了，依然很平静呢。”
Zero：“是啊，最近也没有发现异常者了。”
爱尔特：“如果永远都这么平静就好了。”
谢鲁弗：“也许吧。”
Zero：“对了，雪儿呢？”
谢鲁弗：“雪儿博士她正在进行一项改变世界的计划。”
Zero：“改变世界的计划？难道她也…？”
爱尔特：“不会的，雪儿姐姐才不是Sinister那样的坏蛋呢，对吧？”
Zero：“恩……”
*丁冬*
系统音：“ZeroRegion总部最高层，雪儿研究所到了。”
谢鲁弗：“雪儿博士，计划进行得还顺利吗？”
雪儿：“现在正等着制造工厂把实验用的半机械人送过来，而且，从刚刚的数据报告来看，ModelV真是个很不可思议的东西呢。”
Zero：“ModelV？那是什么？”
雪儿：“啊，Zero，来，这里，我给你介绍下，这种就叫ModelV了，它们是从诸神黄昏遗迹里挖掘出来的物质，蕴藏能量哦。”
Zero：“诸神黄昏遗迹…吗？”
雪儿：“怎么了？Zero？不舒服吗？”
Zero：“啊，没事。”
佛空：“雪儿博士，你要的实验用半机械人已经准时送达。”
雪儿：“辛苦你们了，那么，现在我就来检测危险性。”
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系统音：“一切正常，危险系数为0，请放心。”
雪儿：“好极了，那么，准备融合实验阶段，谢鲁弗，来当我助手。”
谢鲁弗：“是！”
Zero：“融合实验…等等，这感觉是…？！”
（黑白片，一个模糊的脸）
谜之音：“活不了！杀不死！要让他们和我一样…永远的…存在于痛苦的历史中去！！！！”
（回到现在）
Zero：“雪儿！快停下！”
雪儿：“Zero，马上就成功了。”
谢鲁弗：“融合准备阶段完毕！”
雪儿：“好，进入下一阶段。”
谢鲁弗：“是！”
Zero：“雪儿，快停下！那些ModelV，是拜鲁博士的化身啊！”
雪儿：“拜鲁博士？Zero？”
Zero：“刚刚我感应到ModelV上散发出的恐怖能量。”
雪儿：“对于不适应ModelV的机体来说，这种情况会经常发生的，Zero，不必放在心上。”
Zero：“但是…”
雪儿：“以后就会好的，Zero。”
Zero：“……”
谢鲁弗：“融合开始！”
雪儿：“马上就有结果了，我真高兴……”
*滴~~~*
系统音：“融合完毕，请验收。”
谢鲁弗：“雪儿博士，终于，我们成功了。”
雪儿：“从此以后，整个世界就不必担心再有异常者了吧，只要我们利用ModelV的力量，半机械人就不会变成异常者了。”
谢鲁弗：“没错。”
爱尔特：“雪儿姐姐，那些是…什么啊？”
雪儿：“恩？这、这是…？！咿呀~~~~~~~~~！！！！！！！！！！Zero~！！！！！！！！！！！”（无数异常者出现）
Zero：“雪儿，这难道就是你所谓的改造计划吗？”
雪儿：“不是的，不应该是这样的，Zero，请相信我。”
Zero：“现在不是说这个的时候了，大家快跑！这里交给我！”
雪儿：“小心啊，Zero！”（众人乘电梯离开）
Zero：“你们的对手在这里！”
（有四个异常者的黑影正在破坏雪儿的研究所，研究所被破坏得一塌糊涂）
异常者1：“这是谁，好恐怖哦。”
异常者2：“是Zero，恩，我想是的。”
异常者3：“那么，初次见面。”
异常者4：“这是见面礼哦！哈！”（朝Zero发动攻击）
Zero：“呃…可恶……”（四个异常者逃跑了）
（画面切换到 新·指令室）
雪儿：“我没想到会变成这样，我还以为使用了ModelV之后，一切都会变好的，没想到又…”
Zero：“那些ModelV，究竟是…？”
露吉：“雪儿博士，我们已经找到了异常者的地点了。”
贞妮：“由情报来看，他们似乎已经攻占了四个地方了。”
露吉：“这一切似乎都源自雪儿博士的ModelV计划啊，现在异常者再次出现了。”
雪儿：“我知道，但是，我不会放弃我的计划的，为了这个世界。”
贞妮：“不仅仅是简单的出现而已，这次的异常者和以往的不同，我们检测不到半点能量反应。”
Zero：“怎么会这样？”
爱尔特：“没有能量反应，那么说，那些异常者是没有生命的喽，对吧？”
谢鲁弗：“也可以这么说，爱尔特。”
系统音：“警报！警报！研究所被袭击！警报！警报！”
雪儿：“Zero！”
Zero：“我去了！”
露吉：“传送准备！”
贞妮：“3、2、1…”
露吉：“传送！”
雪儿：“Zero，相信我…”
（初始关：ModelV研究所）
雪儿：“Zero，能听到吧？那座研究所是我用来研究ModelV的地方，那里似乎被异常者们袭击了，请保护这里的设施，那么拜托了。”（Mission Start）
（进入中BOSS房间）
Zero：“！”
VS 中BOSS：ModelV蝴蝶形态
（打败后，继续向前，来到研究所最深处，此时，前方不远处又来了一只ModelV，这次变了另一种形态，光束剑形态）
Zero：“可恶的ModelV！死吧！”（Warning）
（若被它打败，Mission Failed）
（打败它后）
Zero：“吓、吓…这就是ModelV吗？力量真可怕…刚刚，我也差点被它…”
异常者2：“你也差点被它怎么样了？”
Zero：“你、你是！？”
异常者3：“你也想拥有力量，对吧？毁灭世界的战士啊。”
Zero：“哼，那点力量还是诱惑不了我的！我要消灭你们！”
异常者1：“是吗？！你现在在愤怒吗？！”
异常者4：“又或者是恐惧…哼哼…”
Zero：“你们这些家伙…”
异常者2：“那么，大家，这里就先这样吧。”（四人再次逃跑）
Zero：“等等！可恶…！”
雪儿：“Zero，那边的电脑联络不上了，怎么回事？”
Zero：“雪儿，研究所已经被破坏了，所有设施，几乎瘫痪。”
雪儿：“什么？！怎么会这样…那么，异常者呢？”
Zero：“已经逃跑了，请迅速追踪他们的动向。”
雪儿：“那么，先回基地来吧。”（Mission Complete，过关评价系统同Z5）
（剧情动画：指令室）
雪儿：“辛苦你了，Zero。我真的不希望因为我的缘故造成世界的灾难，所以Zero你一定要帮我。”
Zero：“我能做到的就一定会尽力的，雪儿你放心吧。”
雪儿：“谢谢你，Zero。”
露吉：“Zero先生，按您的要求，我们准时搜寻到了发生异常的地点，现在要显示吗？”（选‘要’/‘不要’）
（若选‘要’，则弹出选择任务菜单）
“守护资料”：
露吉：“在海中正在扩建的海底研究基地的电脑中保存着重要的资料，如果这些资料被异常者加以利用的话后果不堪设想，无论如何，请保护这些资料吧。要去海底研究基地吗？”（选‘是’/‘取消’）
（选‘是’）
贞妮：“传送准备！传送开始…3、2、1…传送！”
（选‘取消’，回到选择任务菜单）
“回收病毒样本”：
露吉：“早在数月前，Sinister曾利用了Zero先生身上的病毒，而那些病毒的样本应该还有一部分保存在议会大楼里吧，虽然那里已经变成废墟了，但是，病毒样本应该还保存在那里面吧，绝对不能让异常者拿到哦。要去议会大楼遗址吗？”
“调查兵工厂”：
露吉：“在兵工厂中，发现大规模暴乱，目前骚乱似乎还在扩大当中，Zero先生，请立刻前去阻止骚乱吧，拜托了。要去兵工厂吗？”
“阻止侵入”：
露吉：“我们检测到在ZeroRegion的外部自然环境中出现大规模异常者，他们正在向我们逼近，马上就要侵入ZeroRegion了，趁他们没有得逞前，阻止他们，拜托了，Zero先生。要去外部自然吗？”
（若选‘不要’）
露吉：“这样啊，那么我们会继续待命的。”
（与导航员对话）
露吉：“请问要做什么呢？”（选‘传送地点’，‘存档管理’，‘对话’）
（选‘对话’）
露吉：“因为这些异常者的动向很难捕捉到，所以我们只是找到了相对的方位。”
（与雪儿对话）
雪儿：“Zero，这次的一切都是因我造成的，不过，下次我一定会成功的。”
Zero：“ModelV，那东西雪儿你最好早点离开。”
雪儿：“为什么？”
Zero：“因为，它会改变一切的…”
雪儿：“所以，我才要用ModelV，消除异常者的可能性啊。”
Zero：“我要去执行任务了。”
贞妮：“接到不明信号！”
雪儿：“现在执行任务要紧，先把信号切断吧。”
露吉：“啊，不行，他们强行传输过来了。”
谜之音1：“请问是…ZeroRegion吗？”
Zero：“你们是…？！”
谜之音2：“这、这是…Zero？！难道Zero还活着？！”
谜之音3：“对，没错，是Zero，和那时候一样啊。”
雪儿：“请问你们究竟是什么人？”
谜之音1：“别紧张，我们是听说了ModelV计划后，想来协助你完成计划的人。”
雪儿：“协助我？”
谜之音3：“没错。”
谜之音2：“我们感应到你们这里散发出的强烈ModelV能量而来。”
谜之音1：“做为过来人，我要劝你们小心，因为稍有不慎就会变成ModelV的奴隶哦。”
Zero：“你们还没说，你们是谁。”
谜之音1：“哦，抱歉，忘了自我介绍了，我叫托玛斯。这位是米海伊鲁。”
米海伊鲁：“很高兴见到你，Zero君，嘻嘻嘻。”
托玛斯：“这位是阿鲁巴特。”
Zero：“等等！你就是阿鲁巴特？！”
阿鲁巴特：“是的，而且，我知道None的秘密哦。”
Zero：“None……那么，你一定知道什么吧。”
阿鲁巴特：“我想，今次的通讯就到这里就可以了吧，托玛斯。”
托玛斯：“有机会下次再聊吧。”
米海伊鲁：“再见喽，Zero君~”（切断）
Zero：“等等！喂！”
雪儿：“Zero……”
Zero：“我去执行任务了。”
（3楼Room Ciel，雪儿的房间）
爱尔特：“Zero哥哥，我们会拥有什么样的未来呢？”
爱尔特：“雪儿姐姐的研究报告我已经帮她整理好了哦~”
（3楼Room Lab，谢鲁弗的实验室）
杜伊特：“Zero，雪儿博士的ModelV计划据说能改变世界，但那个ModelV究竟是什么样的物质呢？”
杜伊特：“我正在和谢鲁弗一起对ModelV进行检测。”
谢鲁弗：“雪儿博士她的计划，在数月前就已经开始准备了。”
Zero：“数月前？”
谢鲁弗：“对，她曾亲自率领调查队前往诸神黄昏遗迹，发掘出了这种她称之为ModelV的东西，对于ModelV，由于我们不确定它潜藏的危险性，所以，ModelV计划迟迟不能实施。”
Zero：“那么，为什么现在…”
谢鲁弗：“因为ModelV真的很神奇…我是说真的，我差点就被那力量诱惑了。雪儿博士她是真的，真的在为这个世界着想。所以，Zero，请相信雪儿，并支持她吧。”
Zero：“说到底，我们存在的意义究竟是什么呢？”
谢鲁弗：“Zero…啊，对了，我还会继续负责对你收集到的磁盘资料进行保管并对磁盘资料进行解析的。请问要做什么呢？”（选‘磁盘管理/对话’，选择‘对话’）
谢鲁弗：“Zero，也许当雪儿博士再次进行ModelV融合实验的时候还会出现异常，但是，无论出现多少次异常，也请你原谅雪儿博士，因为她是为了整个世界，而且，她也无可奈何。”
谢鲁弗：“杜伊特的检测报告就快出来了，我们很快就能发现ModelV存在的漏洞并对其进行修补的，保证下回不会再出问题。”
（4楼Medicine Room，医疗室）
罗茜诺丽：“Zero，我们正在开发防止半机械人感染病毒的疫苗。”
罗茜诺丽：“虽然我们也很期待雪儿博士的ModelV计划会改变世界目前的现状，有效减少异常者发生的可能，但更实际的还是尽快研制疫苗。”
（4楼Room Lab）
系统音：“抱歉，该实验室暂时不开放。”
（5楼Room05A）
皮克：“雪儿博士所期望的世界究竟是什么样的呢？难道没有异常者一切真的会变好吗？这张磁盘给你吧。”（得到 磁盘）
皮克：“世间一切都是人类和半机械人不能改变的，如果强行改变就有可能事与愿违。”
（5楼瞭望台）
海荣德尔：“Zero，从这个瞭望台我能很快搜寻到异常者的动向。”
海荣德尔：“到目前为止，还没有哪个基地的瞭望台的视野这么宽阔呢，我会把观测到的数据传回指令室的电脑里。”
（2楼Room02C）
安德留：“Zero，想知道一百年前发生过的一切吗？”（选‘想’/‘不想’）
（若选‘想’）
安德留：“在一百年前，拜鲁博士发动了精灵战争，精灵战争结束后，经由传说中的三贤者之手，拜鲁博士体内被传说中的三贤者植入再生装甲，他的记忆也被三贤者修改。而将拜鲁博士和Omega流放之后，传说中的三贤者就下落不明了，我想，ModelV很可能就是当时植入拜鲁博士体内的再生装甲。”
（若选‘不想’）
安德留：“哦，那就算了，其实一百年前发生过的事和现在有很大的联系哦。”
（再次对话）
安德留：“这个世界，已经变得不像世界了，呵呵。对了，这张磁盘我从数月前就一直带在身上了。”（得到 磁盘）
安德留：“究竟我还能活多久呢，呵呵…”
（2楼Room02D）
柯尔波：“我会保护这里的一切，直到ModelV计划完成为止。”
柯尔波：“这张磁盘上的内容，似乎和雪儿博士的计划有关吧。”（得到 磁盘）
柯尔波：“我会时刻警惕，不会放过任何异常者的。”
（2楼Room02E）
伊博：“Zero先生，我有努力减肥哦~！”
伊博：“在ModelV计划完成时，我一定能变苗条！”
（2楼Room02F）
索恩：“我相信雪儿博士的计划一定会成功的，Zero先生，也请你支持雪儿博士。”
索恩：“没有异常者的未来，一定会来到！”
（1楼Room Lab）
皮尔奎特：“Zero先生，我正在对传输过来的资料进行统计分析，不过，从这些数据来看，我不确定为何ModelV会产生如此巨大的能量波动，不过，这么强烈的能量波动可不太好哦。”
皮尔奎特：“雪儿博士难道没有注意到ModelV的异常吗？还是说她已经…？算了，我会继续密切留意数据的。”
（1楼Hall）
奥托斯：“看来整个世界又混乱了呢，好不容易才有的和平，又…”
奥托斯：“万一雪儿博士也犯了和Sinister那家伙同样的错误，该怎么办？我们半机械人以后还能依靠谁呢？”
（1楼过道）
莫奈特：“嘿，Zero！现在又出现异常者了哦~！”
莫奈特：“我刚看到又一波异常者入侵议会大楼了呢，没错，就是那座倒塌的大楼，Sinister那混蛋原先工作的地方啊。”
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