自从人类发明了船舶这一交通工具，就不断的有舰船和人类被大海所吞没，因为大自然的力量无可阻挡！
2133年正在太平洋做常规训练的合众国第七舰队偶然发现了一群奇特生命，这些生命大小为人形，体表类似金属。恐慌的第七舰队立刻进入了高度警戒状态，但随后他们却发现这些奇特生命似乎没有任何威胁，反而是有些痛苦的在挣扎，好像是拥有智慧的在向人类求助一般。
由于具体情况尚不明晰，经过与总部沟通后，第七舰队捕获了一只不明生命样本，随后将其运送到了一个科学基地进行秘密研究。经过科学家团队的研究，发现奇特生命的诞生与超自然力量有关，其体内还包含了未知基因，该基因可以使生物表皮拆生铁、铝等元素，逐渐形成钢化外壳。
并且这种奇特生物确实拥有非常高的智慧，在被研究的过程中一直想要向科学家们传递某种信息，可惜人们无法领会，只能进行一些猜测。最终，科学家团队的总指挥决定，提取不明生物的基因，利用最新技术结合超自然力量进行克隆。
在人类科学家的努力之下，终于成功通过样本的基因克隆出了“精灵”。人类从精灵的口中知道，奇怪物种是名字叫深海遗船，主要是由过去那些沉没于海底的船只残骸经过一种邪恶力量的影响，所形成的怨念之魂而诞生。
这些怨念之魂虽然通过这样的方式重新获得了生命，它们也因为邪恶力量在身上种下的封印而饱受折磨，因为邪恶力量想要控制它们来破坏世界！于是它们决定向人类求助，希望人类能够帮助它们对抗邪恶力量，打破封印，获得解脱。否则当它们最后经受不住痛苦，彻底失去理智时，将可能对人类造成巨大威胁，而目前已经有一些深海遗船在朝这个方向转变了！
帮助深海遗船打破封印获得解脱的办法只有以其相同的方式，召唤出另一种舰船生命才行。经过精灵的指导，科学家着手开始进行特殊召唤装置的制作。在不久之后召唤装置建造完成，人类只要使用船只遗物为引，就能召唤出类似深海遗船却听从人类指挥的生命。
随后，明石、大淀等历史中的多艘船只被召唤出来，全部都为人类少女模样，且背后装备武器。因其性格，行为与少女无异，这些人类少女样的生命被人们称为“舰娘”。舰娘们拥有特殊的能力，能够有效对抗邪恶力量，以及打破不同深海遗船身上的各种封印，帮助他们获得解脱！
在第一批舰娘被成功召唤出来后，科学家们却发现了新的问题，舰娘的召唤过程遇到了瓶颈，他们无法再召唤出更多的舰娘。然而已召唤出的舰娘，在数量和类型上还远远不够去帮助深海遗船生命。经过众多科学家的研究，很快找到了召唤更多舰娘的办法。原来那些能够召唤出舰娘的老舰船也都产生了自己的“意念”，唯有被这些“意念”认可的人类，才能够召唤出更多的舰娘。
人类联盟开始征召能被老舰船“意念”认可的青少年，他们将作为“舰娘”指挥官。同时，科学家们为了让指挥官们更方便轻松的召唤舰娘，还研发出了简化版的召唤装置。适格指挥官可以通过简化版召唤装置召唤出“舰娘”，大规模召唤“舰娘”帮助深海遗船生命解除封印。
大量的人类青少年前来应征“舰娘”指挥官，尝试着被老舰船们的“意念”认可。在无数人的尝试和失败之后，终于有一位少女得到了那些老舰船意念的认可，并顺利成为了世界上第一位“舰娘”指挥官。人类对抗邪恶力量，帮助深海遗船一族的行动即将正式开始！
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