升入高中，做为普通的高中生，应该是苦难生活快要结束的时候了，准备最后的冲刺，迎接自由的未来生活。看着这些和平幸福的人群，我也不禁感叹。如今我所在的第三新东京市曾是被叫做“使徒”的外星生物所袭击过的都市，而如今重建后，却显得格外的冰冷。
自我介绍下，我叫神田雨龙，是“秘银”组织的一员。“秘银”组织是一个维护全球治安的特殊组织，接纳全世界各地的有用人才，经过训练，执行来自全球各地的特殊任务。如今的我以卧底的身份被派遣来到这里，为了调查曾今击退“使徒”入侵的叫“NERV”的神秘组织。
“NERV”拥有神秘而强大力量，其根源来自于他们自主开发的名为“EVA”的神秘机器人，虽然都是众人皆知的事情，但那都是表象的认知而已，其内部是如何如何，一直都是个谜团。
记得第一次参加对抗使徒入侵作战中，我和我的小队驾驶的“AS”机器人（“秘银”组织开发的战斗型机甲）同使徒进行了血战，最终小队全灭，只有我一人幸存了下来。
之后我目睹的EVA和使徒的一场激战，那台紫色的EVA机体，开始被使徒完全压制。但就在快要被干掉的那一刻，突然紫色的EVA开始疯狂的反击，完全变成了一边倒，而且更接近于肆虐的情况，最终就这样将使徒肢解。看到那一幕，我完全被吓呆了，内心充满了恐惧，那真的是机器人吗？简直是怪物。
此事后，“秘银”组织受到了重创，由于受到社会各界的影响，上头决定对“NERV”展开调查，于是派出了很多眼线，我也就是其中之一了。来到学校卧底，一方面不会引人耳目，另一方面是这个学校，这个班级，有“NERV”的三名重要成员，也就是EVA的机师。
男，碇真嗣，是EVA初号机的机师，就是击溃第一使徒的那台紫色EVA，其父亲叫碇源堂，是NERV的总司令，是个冷漠无情，从不显山露水的神秘男人，也正是因为这个人的存在，我们到目前为止，对NERV的调查也是没有什么进展；女，凌波丽，是EVA零号机的机师，从来都是面无表情，对什么都感觉毫无兴趣的感觉，但是听说居然对碇源堂感情很好的样子，完全搞不懂；女，惣流明日香兰格雷，EVA二号机的机师，虽然是美国来的留学生，但自己却是德国和日本人的混血，其中具体原因不详，性格开朗，有正义感，时常喜欢捉弄真嗣，一直对一位叫加持（加持良治，NERV的重要成员之一，也是明日香的监护人）的中年男子抱有好感。
上述的资料基本都人人皆知，只要是在这里生活过的人，如今一年多的时间过去了，也没有什么新的收获，“秘银”组织也决定收手，等到学期结束，也就宣告任务结束了。现在也只能尽量的享受下剩余的校园生活了。
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