三体宇宙的陈年往事要从地球上一个三体组织说起。
在三体宇宙的地球上，一个女人率先开启了跨入外星文明的大门，她便是叶文洁，叶文洁的悲惨生平，谁都着实觉得可怜。
经过了丧父、蒙冤和出卖的叶文洁，充分认识到了人性的丑恶，她渴望外星文明降临地球，救赎人类的信念，在此期间她结识了一名搭档——伊文斯，这位在荒山野岭中植树三年以保护濒危鸟类的的富二代，纵然拥有一家四百五十一资产的跨国石油公司，但他依然无法阻止人类对自然环境的破坏，他同样渴望外星文明来拯救地球，两个人一拍即合，就此成为了三体组织的创始人。
三体组织有一种三体游戏，这个游戏的目标便是帮助一个环境无比恶劣、在恒纪元和乱纪元之间挣扎的外星文明，外星文明就叫三体文明，因为这个文明所在星系有三个恒星，而且毫无规律可循，只要解出三体文明所在星系的三个太阳的运动规律，让三体世界活下去，游戏便能通关。
而在这之前，叶文洁便研究着红岸基地的太阳放大电波功率，并向宇宙中发出了来自地球的第一声啼鸣。
在三体星上，一位年迈的监听员无意间收到了来自地球的第一条讯息，为避免三体舰队必然发动的入侵，监听员恢复了一条简短的讯息：“不要回复！不要回复！不要回复！”只要不回复，地球之于三体星系便只是一个渺茫的方向却没有距离的数据。
8年后，叶文洁才收到了一条简短的讯息，上面写着不要回复，但她并没有听从劝阻，反而再次发送消息：“到这里来，用你们的力量解救人类的罪恶！”
这条讯息发送到了距离地球最近的恒星系——半人马座三星，很显然，这位监听员的行为触犯了三体世界的法律，消息败露后，三体世界的元首烧死了相关的六千多个三体人，并下令，三体舰队，立刻向地球方向起航。
此刻的三体文明对微观世界的探究远胜于地球文明，他们发现，微观世界中共有十一个维度，于是为了防止地球文明在舰队到达之前超越自己，三体人制造出了针对地球的重要武器，这便是智子。
智子，是对质子的低维展开，对粒子的更低层次的微操作，通过电路蚀刻改造而成的智能计算机，再转化到不可见的高维，通过量子纠缠态实时通讯监控地球，干扰人类的粒子对撞实验，来锁死地球文明，结果有一个质子在被改造时，少了一个维度，无意间搞出一个魔眼文明，魔眼文明利用质子巨大的抛物面，汇聚恒星的光芒，向三体世界的首都发起攻击，但最终微观不敌宏观，被三体人用核弹消灭。
又三年后，叶文洁收到邀请，来到了大西洋上的审判日号巨轮，伊文斯把这里建成第二个红岸基地，并成功与三体文明通讯，地球三体组织的第一批成员，在这里授予叶文洁最高统帅的资格，他们高呼着口号：“消灭人类暴政，世界属于三体！”
当三体文明抵达地球的智子告诫着地球人他们是虫子时，整个人类世界陷入一片恐慌，就这样，人类进入了危机纪元。
但因为三体人的词典中没有伪装和计谋，所以地球文明还是针对三体人的透明思维制造出了重要的反击战略，那就是面壁计划，面壁者不与外界进行任何形式的交流，他们完全按照自己的思维办事。
面壁计划引起了三体人的警觉，只有人类才能侦破人类的计谋，于是三体文明决定重新启用ETO组织，并针对面壁者选出了几位破壁人，制定了破壁计划。结果，有两个面壁者败给了破壁人，一个在量子太空军毫无作用的现实下绝望自杀，一个因宣传水星撞太阳的灭世计划被群众群殴致死。面壁计划，仅剩希恩斯和罗辑。
ETO组织计划着完成伊文斯临终前的任务——暗杀罗辑，罗辑却隐藏在一片世外桃源，三体人畏惧罗辑，由此，联合国希望罗辑放下儿女情长，找出领三体人畏惧的原因，成为自己的破壁人。
而后罗辑根据叶文洁的指导，开始一遍遍认真思考。
随后得出了《黑暗森林法则》：宇宙就是一座黑暗森林，林中有无数的猎人，当猎人捕捉到其他人时，能做的只有一个：开枪消灭他，在这片黑暗森林中，他人就是地狱，就是永恒的威胁。
不过，《黑暗森林法则》基本上只适用于这个三体宇宙。
根据这个理论，罗辑公布了一个重要计划：恒星诅咒。利用太阳的电波放大功率，向外太空发射一条咒语，内容便是三体星系的坐标，在浩瀚的宇宙中，三体星将会显现在无数文明的眼中，从而使三体文明引来其他文明的剿灭。
可此时罗辑遭遇了基因导弹的攻击，抱着对未来先进治疗技术的希望，罗辑紧急进入了冬眠。
185年后
罗辑从冬眠中醒来，来到了景观宏伟的未来地下城，各式各样的飞行器以及其他的先进科技，无不令罗辑称奇，并了解到现在的人类文明分为两个政治格局，地球国际与舰队国际，后者共拥有两千搜可达光速15%速度的星际战舰，且数量是三体人的一倍之多，自大的人类总以为自己赶超了三体文明，派出了所有恒星级战舰，组成联合舰队，去拦截冲向地球的三体探测器，以为能把三体人吓跑。
在末日战役中，人们第一次见到了来自三体文明的探测器，所有人都陶醉于它那绝美的外形，人们将其命名为“水滴”。
表面绝对的光滑，使这颗漂浮在宇宙中的水银，如同梦之海跃起的镜面海豚一般，向太阳系诠释着真正的美。
丁仪和舰队国际的三方代表组成的四人小组观察这颗水滴时，才发现了其内部分子结构被强互作用力死死钉在一起，连分子自身的震动都已消失，这颗水滴的强度比太阳系内最坚固的物质还要高出百倍。
“傻孩子们，快跑啊！”
“毁灭你，与你何干！”
伴随着丁仪的两声呐喊，半个小时内，仅凭一颗水滴，就让人类的太空舰队全军覆没，而且水滴释放的强烈电磁波封死了太阳，无法再利用太阳向外太空发射任何消息。
但后来罗辑制定的雪地工程还是威慑了三体世界，三体人再次输在了计谋上，并进一步同意帮助人类建造可随时发射咒语的引力波广播天线，随后，地球进入了威慑纪元。
在末日战役中幸存的五艘飞船发生了掠夺资源的黑暗战役，仅剩下“青铜时代”号和“蓝色空间”号。
威慑纪元
联邦政府计划向外太空发射一颗人类的大脑，让三体人根据大脑克隆出这个人类，让这个人类监视着三体世界，结果最合适的人选居然是程心的心上人云天明，在得知自己的星星就是云天明送的之后，她悲痛欲绝，但知道三体人可以克隆出云天明后便有一丝欣慰。
人类是一个自大的种族，与三体人半个世纪的和谐共处，使他们变得愚蠢，这愚蠢就表现在一次卑鄙的返航骗局。
原末日战役幸存的“青铜时代”号战舰，思念着地球母亲，接到返航指令后，便迅速飞回地球，每个船员被告知他们将以英雄的身份与家人团聚，结果飞船刚一降落，所有船员便被以反人类罪全部告上法庭。
主要指责便是他们对邻舰发起的黑暗战役，最后在与新船员的交接仪式上，原“青铜时代”号的甄别军官史耐德急忙打开了通讯系统，在被宪兵射穿胸膛的血雾中，他告诫了另一艘幸存飞船“蓝色空间”号，宝贵的生命警告抵达了蓝色空间号，使其更加迅速地逃离了太阳系。
在两颗水滴的监视下，人类派出“万有引力”号前去追击。
与此同时，前一任执剑人罗辑已经是101岁的高龄，必须要选出新一任执剑人，希望程心参选的远不止三体人，地球人亦然如此，程心毅然参选。
在此过程中，三体人利用隐藏在太阳系内的九颗水滴对地球上的宇宙引力波广播发射塔发动突然袭击，结果程心用她的博爱毁掉了人类文明对三体文明的威慑，没有按下按钮，水滴摧毁了所有引力波发射塔，威慑纪元结束。
就这样，生于忧患的人类终于迎来死于安乐的命运，所有人被三体人逼迫着前往澳大利亚，随后，三体人对人类开始了疯狂的种族灭绝计划。
但是，外太空的“万有引力”号却被“蓝色空间”号全面占领，而同行的两颗水滴却失去光泽，并被“蓝色空间”号全部收割，他们战胜了水滴。两艘战舰明白了地球的状况后，启动了“万有引力”号的引力波发射台，对两个世界的死亡宣判以光速传向整个宇宙。
最终，更高级的歌者文明用光粒摧毁了毁灭了三体文明。
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