在距离常磐市几万海里的一座不知名孤岛上，庞大的实验基地覆盖了整座岛屿。这是一座在官方及各大势力暗中支持下秘密建造而成的，用来进行特殊实验的基地。基地的总管理为三大世家之首，雷电家族族长的独生女，雷电清子。她同时也是雷电家族的下一任继承人，此实验基地的建成，更是离不开雷电家族庞大的资源支持。
“报告实验状况！”一身白大褂的雷电清子正站在总管理室盯着眼前的一片显示器向各实验室发出指令。满脸忧愁与不甘的她，并不知道此时衣襟内的护身石正暗暗散发着微弱的光。
“装置温度正常”“实验舱气压正常”“供能装置与转化装置正常”随着一组组数据的显示，第一万次实验正式开始……
孤岛实验基地，同样也是用来进行“御坂妹”实验的基地。不过与常磐市中不同的是，此基地的实验目的不是为了利用御坂妹来使得别人成为level.6。而是要让御坂妹拥有level.6的实力。起初该实验基地的目的同样是为了通过御坂美琴的基因量产超能力者，但在得知这一实验行不通后，他们也通过“树状图”的预算，将目标转向了level.6，不过他们的做法与前者是截然相反的。在“树状图”的预算中只有两个方法能达到目的，第一个便是常磐市的做法，此做法对实验者利益的伤害是最小的，然而却极其不人道，因此，他们失败了。而第二个做法却是极具风险的，此风险不仅是对于实验本身，对于实验者更是如此……
“第一万次实验了啊……9999次的失败，9999次的无畏牺牲……换作别人早就放弃了吧……” 雷电清子已经开始对实验失去希望了，或者说，绝望了。任凭指甲穿透掌心，鲜血顺流而下……深深的不甘萦绕心间，无数悔恨将她埋没，清秀的脸上如今已变得苍白“为何当初要接受这项完全不科学的实验……”清子双手用力砸向身前的控制器，从未流过泪的她，如今却再也抑制不住那决堤的泪水……如果这次实验再失败的话，那么……
自 “树状图”给出了那两个希望的种子以来，雷电清子已接管了该实验基地多年。起初实验进行的极其顺利，为了让御坂妹拥有“不死之身”，那么就得让御坂妹的身体机械化，尽管改造过程极其复杂，且对材料的要求极其苛刻，但是在这拥有庞大资源支持与一万多名人才的实验基地面前都算不了什么。实验在雷电清子的管理下，有条不紊地进行着。哪怕是最困难的组装能量石部分，也在一万多名科学家的齐心协力下攻克了。（能量石为从宇宙中发现的一种能存放超高压电流的磁石，能量石的作用就是让御坂妹拥有强大的电系能力，是其能否成为level.6的关键，可以说是整个实验的核心。）然而就在大家都以为实验已经成功时，改造后的御坂妹却失去了“灵魂”，哪怕是使用学习装置也无法使其拥有自主意识……
为了让“机械御坂妹”拥有“灵魂”，雷电清子从“树状图”那不科学的计算中得到了一个极端的方法，也是唯一的方法――以命换命。为了完成这一创世纪的实验，一万多名疯狂的科学家没有一人退缩，毅然决然地签上了为科学献身的名册，并都写好了遗嘱……通过“以命换命”的方式来使御坂妹拥有灵魂，是指将志愿者的身体内的一切压缩成能量体注入御坂妹体内与磁石融合，使其拥有志愿者的一切，包括灵魂。尽管这一方法极其不科学，但是在各方势力的支持下，在几乎倾尽一切后，终于造出了这种不科学的装置。然而自从第一次实验至今，惨剧却一次次上演……
“转化装置运转正常，能量体转化开始…能量转化成功，纯度99.5%，开始传送能量体……第一万次融合开始……”实验进行到了关键时刻，此时基地中所剩无几的科学家们都将心提到了嗓子眼，静静地听着那不杂任何感情的机械音。
“警报！能量体与磁石产生排斥！高压电流促融开启…融合度10%…30%…50%…70%…”每个人都紧盯着眼前那缓慢前行的进度条，在心中不断祈祷奇迹的发生。
“融合度80%……警报！！！实验舱气压异常，能量体受损严重，高电压促融失效，磁石受损……”80%！又是80%！！每次都在80%失败……全场寂静，死一般的寂静……
“嘭！！！”“第一万次实验失败…死者……”随着一声爆炸，御坂妹瞬间爆体而亡，而此时的实验者……已经成了一具干尸……
眼看着重复了9999次的惨剧再次上演，雷电清子感觉整个世界天旋地转。清子强忍着心中无限的痛苦，支撑着不让自己瘦弱的身体倒下。她不能倒下啊！也没有资格倒下！因为一旦她倒下了，那么所剩无几的部下们将全部崩溃……
“明天进行最后一次实验，无论成功与否，此次实验将宣告结束，所有损失全部由雷电家族承担……”宣布完最后的计划，雷电清子拖着虚弱的身子离去……“明天就让我来结束这一切吧……”清子已在心中做下了最后的决定……
一夜无眠，第二天的实验已全部准备完毕。因为是最后的一次实验，尽管很绝望，但大家还是强打精神将一切准备工作做到完美，万一这一次成功了呢……此时的雷电清子已不再是站在总管理室，而是站在了实验舱前，或者说所剩无几的科研人员都来到了实验室内。他们要亲眼目睹最后的这次实验，哪怕最后的结果是被溅一身血……实验舱内的御坂10001号是经过改造的最后一个御坂……在曾经的预算中是最不可能用得上的一个，没想到如今却成了最后的希望……
“装置一切正常，请实验者入舱……”冰冷的机械音传来，智能的实验装置宣告了第10001次实验的开始。
就在大家面面相觑，不愿做着最后的牺牲时。雷电清子目光坚定地向着另一个实验舱走去……
“万万不可啊！清子酱！”副官藤野慎吾一看到清子动身，便知道了她的打算，赶紧上前拉住清子，死活不让她进舱。
“放手！这是命令！” 清子眼中的凄然与坚定令藤野心中一寒。
“你要是出事了，让我怎么向雷电族长他老人家交代啊……”藤野深知一旦清子出现这种眼神，那么便是不达目的不罢休，上次看到清子出现这种眼神，正是在接管这项实验的时候啊……但他仍不放弃对清子的阻拦……因为雷电族长正是看中了清子这一性格，才将代表继承人身份的护身石交给她的……一旦她出事，结果可想而知。而此次实验在藤野眼中已是宣告实验失败的最后一次实验。
“遗嘱我已经写好并发送回家族了，我的事不用你操心……” 想必雷电族长看完遗嘱后已经在火速赶来的途中了……实验必须尽快开始……雷电清子利用巧劲甩开藤野的束缚，闪身进入实验舱，并开启了实验装置……
实验装置一旦开启便无法关闭，任凭藤野在舱外喊得嘶声力竭，清子也不为所动，微笑着闭上双眼，将一切交给上天。清子如释重负的样子令大家为之震撼，并将这一刻永远铭记心中……
既然无法终止实验，那么救清子的唯一方法就只有让实验成功了。清醒过来的藤野赶紧喝令全体科研人员回到工作岗位，第10001次御坂妹实验正式开始。
闭上眼睛后的清子感到无数电流通入体内，麻痹感瞬间传遍全身。就在清子快在麻痹中失去意识时，胸前的护身石光芒大放，一阵眩晕感传来，清子仿佛进入了一个虚拟空间，身边的一切尽是虚无……
在经历了麻痹，机体掌控，机体能量化之后，便是最后的能量压缩了。然而进入虚拟空间的清子已感受不到一切了……
就在大家以为能量体会在清子的头顶形成时，奇异的一幕出现了。无数的能量不受控制地向着清子胸前的护身石涌去，并融入其中……
“莫非传说中是真的？！雷电家族继承人的护身石真能无视一切状态救护主一命？！”藤野眼中一亮，仿佛看到了希望。
实验继续进行，代替了能量体的护身石被传送自御坂10001号头顶上方，开始最重要的，也是从未成功过的一步……
坚硬的护身石仿若虚化一般，一点点融入御坂10001号体内，向着那块磁石而去……熟悉的机械音传来“装置一切正常，融合开始，…融合度10%……” 听着那仿佛能决定一切的语音播报，全体科研人员双手合十，跪地祈祷……他们所能做的，也就只剩祈祷了……而此时孤岛外几千海里处，一艘超音速飞机正在极速赶来……
“融合度80%……” 所有人的心在此刻仿佛都停止了跳动，成败与否，就看能否突破这死胡同般的80%了……
“警报！警报！磁石外质层破损，能量开始暴走……”
难道就要失去清子了吗？！失去自己暗恋了多年的人儿……藤野此时脑中已一片空白，紧盯着实验装置的双眼已布满血丝，甚至已经做好了与清子一起死去的打算……
“警报！！！磁石已完全破损，能量体代替 磁石，现在开始磁石碎片与能量体的融合，高电压促融开启，融合度10%……”
就在大家山穷水尽之时，没想到竟出现了这种意想不到的变故，霸道的护身石竟直接摧毁了磁石，反客为主……接下来的实验变得出乎意料地风平浪静，80%的屏障在瞬间被突破，大家就这样不可思议地看着进度条走到了100%……而此时一艘超音速飞机也正好抵达了孤岛实验基地……
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