原本圣杯战争是以远坂、间桐和爱因兹贝伦，这魔术师家族中的御三家为首发起的，围绕七名御主和他们所召唤的从者，相互追逐并争夺圣杯而展开的仪式。通过战争的形式，将从者的生命作为魔力献给圣杯，当7名从者的生命全都成为圣杯的填充物之时，圣杯将拥有足够实现任何愿望的力量。赢得战争的御主便是能够行驶这项权利的唯一人选。
那是自御三家在冬木市开始举行名为“圣杯战争”的仪式开始便作为常识而在魔术师之间流传开来的规则。
御三家为了追求魔术的根源而开始了这种仪式，为了用圣杯达到根源而展开血腥的杀戮。魔术师所追求的根源，是一切果的因，是一切魔术的起源，只有奇迹才能给他们打开通往“根源之涡”的通道。为了达到奇迹，杀戮是必不可少的环节，即使过程非常丑陋，但是只要结果足够完美，那就能够掩盖这丑陋。然而，在经历了三次圣杯战争之后，魔术师中谁也没能借奇迹而抵达根源之涡。即使如此，御三家却也没有停止探索。
第四次圣杯战争在经过六十年的准备之后如期举行，就像以往的每一届圣杯战争一样，魔术师围绕“万能的许愿机”展开血腥的战斗。但是看似平常的战斗背后，却催生了不一样的愿望。
在经历了三次失败之后，魔术师之中也有人产生了“根源之涡只不过是虚幻的想象”之类的想法。为了追求不确定是否真实存在的东西而消耗现实存在之物的做法未免太过愚蠢了，即使是被召唤出来的使魔，作为生命却被当做物品一样消耗。毫无意义的争斗，毫无意义的牺牲，毫无意义的追求。抱着这样的想法，其中的一位魔术师战胜其他的魔术师和从者，只有他和他的从者作为胜利者存活了下来。
魔术师在圣杯面前许下了愿望——将杀戮在人类世界消除。
魔术师想用这种方式为自己所犯下的必须犯下的孽障赎罪。只要杀戮从此在人类世界消失，自己之前所杀死的人就都是值得的，魔术师这样想着。
然而圣杯却给他展示了出乎意料的实现愿望的方式——将全人类毁灭。只要作为制造结果的原因消除，便能实现结果的的消失。只要实现杀戮的人类消失了，那杀戮也就不再存在了。圣杯以这样的逻辑给了魔术师两个选项，是要就这样实现自己愿望或者任由人类无限循环地丑陋下去？
无法做出选择，无法舍弃人类，即使魔术师曾经无数次杀害身边的人类，以自己认为对更多人类好的方式做出选择。但是一次也没有，他从来没认为自己的选择是对的。只是因为“那样的选择更好”这样的逻辑而做出决定，不断地杀戮，夺取生命。直到最后，即使是在“奇迹”面前，也只是得到了自己早已知晓的答案——想要拯救全人类，就要将全人类都消灭，这是从一开始就已经懂得的道理。
毫无意义，经年累月自己不断追求着的不过是一个错误的想法，魔术师在自己的回忆中悔恨不已。
在做出选择的最后瞬间，魔术师拒绝了圣杯，以自己最后的令咒向从者发出了命令——将圣杯毁灭。
然而，即使这最后的决定也是错误的。从者的圣剑仅能将圣杯的容器破坏，圣杯的内容物因为失去了载体而不断往外倾泄，如同岩浆一般把所接触之物燃烧殆尽。冬木市随之陷入一片死寂。
即使是在最后的选择，依然没能拯救任何一个人，一直重复着错误的选择，魔术师在残酷的现实面前低下了头。
以第四次圣杯战争为契机，圣杯战争发生了变化。除了御三家以外，其余参加圣杯战争的魔术师都开始追求个人的欲望。因此圣杯战争再也不是魔术师追求魔术顶点的仪式，而变成了实现个人愿望的名副其实的“战争”。世界各地的魔术师们为了实现各自的愿望而召唤圣杯，发生了不同程度的圣杯战争。当然，以御三家的为首的冬木市的圣杯争夺也依然每隔一段时间便会上演。
而这次的圣杯战争和冬木市的圣杯战争不同，甚至和发生在世界各地的圣杯争夺战都不一样。
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