（开场动画）
西历21XX年，人类与新世代半机械人们开始了“雅各布计划”，但是计划的实施却给人类与半机械人们带来了很多困扰，人们想禁止复制芯片的生产，但是对于那时的世界而言，开发宇宙需要越来越多的拥有复制芯片的新世代半机械人，虽然他们不会像Lumine那样再次变成暴乱者，但是政府还是担心，随着Axl的封印…复制芯片的生产也就暂时停止了…从此，在人们的耳中，再也听不到任何关于“雅各布计划”和“复制芯片”的信息了，它们已渐渐地淡忘在人们的记忆中…
西历22XX年--100年后，和平国度--“克罗西亚”建立，政府为了不让100年前的事件再次重演，下令将所有新型半机械人处死，于是，新型半机械人们不得不逃离“克罗西亚”这个人间地狱，那些负责处死新型半机械人的是政府的半机械人，他们叫做“原生体”，而那些被迫离开家园的旧世代的新型半机械人们自行组建了一个反抗组织，叫做“新生派”，于是“原生体”与“新生派”之间的战斗渐渐地已转入白热化……双方互不相让，终于将世界重新拉入了100年前的状态下……
敌兵1：“警报！警报！发现目标！发现目标！1号出动！”
敌兵2：“2号出动！”
敌兵3：“3号出动！”
敌兵4：“4号出动！”
少女：“吓、吓、吓…不行啊！我们得跑快些！”
士兵1：“莉莉丝小姐，你先走一步，这里由我来顶着！”
莉莉丝：“但…但是，韦达…”
韦达：“我不要紧的，快、快去找传说中的英雄！啊！”（被敌兵杀死）
莉莉丝：“韦达！！”
敌兵：“发现目标！发现目标！收到指令，处·死…”
士兵：“糟糕了，莉莉丝小姐，你们先去找那个传说中的英雄！这里由我们来顶着！”
莉莉丝：“大、大家…”
莉莉丝身边的士兵：“莉莉丝小姐，不要再犹豫了！快走吧！”
莉莉丝：“可是…大家…好吧…”
莉莉丝身边的士兵：“大家珍重…”
士兵：“呜哇哇哇哇~~！！！！！”（被敌兵杀死）
（场景转换到一个像是遗迹的地方，一个长得像Axl的半机械人沉睡在那里…）
莉莉丝：“吓、吓、吓…普路托，我们到了哦~”
普路托：“那么，我去把他唤醒…”
莉莉丝：“等、等等！”
普路托：“什么？！啊！！”（被封印弹开）
莉莉丝：“可恶，有防护罩吗？”
敌兵：“发现目标！发现目标！！准备！！”
普路托：“莉莉丝小姐，在我发射闪光弹迷惑他们的双眼前请您尽快将他的封印解除！可以吗？”
莉莉丝：“OK！没问题！”
普路托：“好，那我们开始吧！闪光弹！”（“拼”一声全屏都变白色）
敌兵：“未发现目标…收到指令：到边处找找…”
莉莉丝：“好了，密码终于解开了，密码是12412…”
普路托：“糟了！闪光弹无效了！”
敌兵：“发现目标！发现目标！”
莉莉丝：“怎么办！？Axl！快醒醒啊！”
Axl：“……”（防护罩解除了，但还在沉睡）
敌兵：“瞄准！！”
普路托：“不要！！！！！！！”（冲到敌兵的枪口前）
敌兵：“发射！！”（轰）
普路托：“呀啊啊啊啊！！！！！”（被杀）
莉莉丝：“普路托！！！！！！！！！！”
敌兵：“发现目标！！”
莉莉丝：“求求你快醒醒吧！Axl！”
Axl：“…………”（还在沉睡中…）
敌兵：“瞄准！！”
莉莉丝：“拜托你救救我们啊！！Axl！！！！！！！！！！！”
敌兵：“发…”（轰）
莉莉丝：“A、Axl？你醒了吗？”
Axl：“恩…虽然不知道怎么回事，但是好像你碰上了麻烦，是吗？”
莉莉丝：“对，Axl，请帮帮我们吧，拜托了。”
Axl：“要我怎么帮你呢？”
敌兵：“发现目标！发现目标！”
莉莉丝：“糟糕了！那些家伙又来了！”
Axl：“你是说让我帮你摆平那些小喽罗吗？那么，就请跟我走吧…”
莉莉丝：“是…”
（行了一段路后，来到开场BOSS房间）
莉莉丝：“太好了，前面就是联络装置了，我马上就去跟基地联络…你先在这里等我一下…”
Axl：“…………”（过了几分钟，突然从房间内传来一声清脆的尖叫声）
Axl：“莉莉丝！！”
（进入房间）
莉莉丝：“Axl，救我啊~！呃…”
高雷姆：“嗷嗷嗷嗷嗷嗷！！！！！！！！”（大拳头上握着莉莉丝）
Axl：“大块头，你实在太吵了，快安静一些！”
（打到它去了半行HP后，剧情动画…）
Axl：“吓、吓…难道我真的没法救她了吗…？”
？：“Axl…Axl…”（通讯器画面打开）
Axl：“你、你是…？”
？：“请别害怕，我们是你过去的朋友…”
Axl：“过去的…朋友？”
？：“对，这是你的死光枪，一直保留在我们这里呢，现在终于可以物归原主了…”
Axl：“等、等一下！你们是…？”
高雷姆：“嗷嗷嗷嗷嗷嗷！！！！！！！！”
莉莉丝：“呀啊~！！救命啊~！！！！！！！！！！”
Axl：“看来得先把你干掉啊，那么，不客气了！就试试死光枪的威力吧！哈！”（对准BOSS的头部发射死光枪后，BOSS爆了）
（打败BOSS后…）
莉莉丝：“谢谢，那么，请到联络室里来吧，那里有传输装置，可以将我们传输回基地去，那么，传输装置就在那个门的里面，我先进去了，你也一起来哦~”
Axl：“………”
（跟着她一起进入门后）
莉莉丝：“那么，我们回基地去吧…”
Axl：“………”
（“新生派”基地）
莉莉丝：“欢迎来到‘新生派’基地，Axl…先自我介绍一下吧，我叫莉莉丝，是‘新生派’的指挥官。这里是给那些被怀疑是拥有复制芯片但却是正常的半机械人救治伤员的避护所。为了生存，我们一直艰辛战斗着…然而，这也已经到了极限…不过，这也是我们来找你的原因，你是我们最后的希望…虽然大部分人认为你是个传说，但是仍然有人坚信你的存在，并一直寻找着你……你就是Axl，传说中100年前与X和ZERO一起消灭了西格玛，拯救了世界的半机械人。”
Axl：“X？ZERO？那两个名字听起来怎么这么耳熟…”
莉莉丝：“在100年前的‘雅各布计划’之后，由于某些拥有复制芯片的半机械人发生了暴乱，所以‘克罗西亚’政府的统治者--塞克斯决定放弃生产复制芯片，并下令要将我们处死…”
Axl：“将…你们处死？”
莉莉丝：“对，在我们俩谈话期间，就已经有不少无辜的半机械人被他们处死了。我们需要你的帮助，我们的未来全牵系在你的身上了。请帮助我们，好吗？”（选择“好”或“不好”）
（选择“好”）
莉莉丝：“谢谢，真的吗？真的肯帮我们吗？现在，在你的帮助下，我想我能够拯救世界上的每一个人。（真是天真啊大姐~）现在我有事情要拜托你，你准备好了吗？”
（选择“不好”）
莉莉丝：“我知道，你需要时间想一想。那好吧，我们自己会想办法的。但是，如果你改变主意了……请务必叫我一声，拜托……”
比欧斯：“莉莉丝小姐，您不要紧吧？”
莉莉丝：“哦，我没事…”
Axl：“他是谁呢？”
莉莉丝：“他是我们的领航员--比欧斯。他会帮你开发一些辅助你的道具的。”
比欧斯：“莉莉丝小姐，这就是传说中的英雄--Axl吗？”
Axl：“对，我就是Axl…”
比欧斯：“好了，请跟我来吧。”
（来到比欧斯的房间后）
比欧斯：“现在，我就把辅助你的道具全部都给你。这是旋盾，可以防御子弹，也可以投掷出去。”
Axl：“得到旋盾…”
比欧斯：“这是复制枪，虽然它没有复制芯片的功能，但使用它你也能够复制一些特殊的半机械人的DNA。”
Axl：“得到复制枪…”
比欧斯：“还有，这是飞天鞋，虽然他无法作为攻击武器使用，但却可以辅助你跳过一些跳不过去的障碍。”
Axl：“得到飞天鞋…那么，然后呢？”
比欧斯：“请你看大屏幕吧…这些就是我们找到的‘克罗西亚’的八个小区域，因此，只要攻破了这八个小区域，我们就能够一举进攻‘克罗西亚’…你能够帮我们吗？”（选择“是”或“否”）
（选择“是”）
比欧斯：“答应得很爽快嘛，Axl。那么，请选择任务吧。”
（选择“否”）
比欧斯：“看来你还没拿定主意啊，这样吧，等你想好了再来找我，好吗？”
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八BOSS：
冰雪之帝王--冰天企鹅（Icefreezing Penguinoid）
天国之使者--雷鸣刺猬（Thunderbolt Hedgehog）
光热之修罗--赤炎太阳花（Solorhotter Sunfloward）
沙漠之谜怪--沙暴狮身兽（Sandstorm Sphinxiod）
追魂之死树--落叶啄木鸟（Defoliation Kokapetori）
水中之灯神--镭射灯笼鱼（Laserlight Myctophidae）
冥界之幽灵--暗影蚂蚁（Darkhades Antonion）
电脑之骇客--异次元木马（Cyberhacker Trojanhorsiod）
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