当深海入侵后，人类在幸存的地方设立了四大镇守府，分布在世界各地，分别是：美洲镇守府，澳洲镇守府，亚太镇守府，欧洲镇守府。各大镇守府下辖提督府以及海军学院。
各大镇守府下辖海军学院
美洲镇守府：
华盛顿海军学院
欧洲镇守府：
齐柏林海军学院
地中海海军学院
自由法国海军学院
纳尔逊皇家海军学院
圣彼得湾海军学院
华夏镇守府：
华夏海军学院
樱华海军学院
澳洲镇守府
无 = =
各个海军学院负责对新进提督的培训和新进舰娘的培养，并且大多数提督只有在学院里获得自己的舰娘，方可毕业。
由于舰娘是政府和镇守府的共同最高机密，所以用这种方式防止技术外传。
当然野生舰娘除外，野生舰娘一般拥有强大的实力，如果说普通舰娘（在学院）是1至4星的话，则野生舰娘就都是5星的。野生舰娘的产生十分特别，属于自行拥有神智的特殊存在。
提督如捡到野生舰娘的话（滑稽）则可以直接上报镇守府，镇守府则会把这只野生舰娘划分到那名提督的提督府下。
提督府依附于镇守府而存在，其平日里镇守在各大海洋之中，或者是镇守在对深海的前线。其资源由镇守府直接调拨。一座提督府理论上只要由一名提督和他的一名舰娘便可成立，因此，提督们可以自行申请提督府，如果通过审核标准，便可通过。
而镇守府则是人类的大本营，对深海的总基地。
每一座镇守府是由拥有英雄级的舰娘并且经历过大型战役的提督镇守的，称之为总督。总督拥有对这座镇守府以及旗下提督府的最高命令权，但无权过问海军学院，海军学院由政府和镇守府共同统领，权力及其地位不可撼动。
美洲镇守府：当深海入侵时，由美国提议并联合北美洲各国建立，坐落于太平洋沿岸的洛
矶的一个码头。刚开始规模很小，后随着战事的升级，镇守府的规模也随之扩大。从开始的方圆5平方公里到现在的方圆50平方公里。设施也不断完善，最终形成了一个城镇。其下辖提督府超过200所。
美洲镇守府素与亚太镇守府不合，并且镇守府的领导层大部倾向于山姆大叔，可以说，美洲镇守府比较亲美。
美洲镇守府主要负责太平洋战场，与澳洲镇守府一同负责，但澳洲镇守府的规模远远不如美洲镇守府，舰娘的数量也远远不如美洲镇守府，且下辖提督府的数量也不超过50个。
亚太镇守府：深海入侵时，由华夏帝国引领周围小国所建立。坐落于华夏帝国的天津市内，其规模覆盖整个城市，所以亚太镇守府拥有比美洲镇守府更大的规模，但是，科技略逊于美洲镇守府，其下辖提督府超过200所。与美洲镇守府是竞争对手。
欧洲镇守府：拥有最强大的科技以及资金，是自深海入侵时第一个组建的镇守府，其规模远超华夏以及美洲，下辖镇守府超过300所。直到现在，欧洲镇守府也是对深海的前线。
而当深海出现时，第一个沦陷的人类大型的版图便是非洲区域，超过三分之二全部沦陷， 所谓沦陷，是指被深海气息所覆盖，无生命迹象。并且人类入内将会接受强烈的辐射以及深海力量的侵蚀。
各大镇守府之间互有争斗，但是面对外敌的决心和统一战线的建立是十分坚定的，如果其中谁先打破这种联系，便会成为众矢之的。接受人类的制裁。
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