萧臣在这段时间里利用系统在2013年的系守镇高中和2016年的东京高中上学，而三叶和泷看到萧臣一会儿在2013年的系守镇，一会儿又在2016年的东京，虽然他们看到萧臣在这两个地方，但是他们还是没有怎么怀疑他，谁知道他是不是在哪里读书的呢？反而和萧臣成了很好的朋友。而萧臣告诉泷，自己可以跨越时空，而三叶马上就会受到危险，泷听到后觉得萧臣是在开玩笑，因为现在泷和萧臣很好的朋友了，这还得感谢三叶呢，要不是她代替泷认识自己当朋友，现在是什么样就不知道了，但是泷心里还是有一点悸动的。
这时手机铃响，美纪发来了消息。泷赶紧查看手机中的日记，原来是三叶自作主张的替泷安排了与美纪约会。他连忙穿戴整齐，跑到约定的车站见面。这场突如其来的约会，让泷手足无措，不论逛街还是吃饭，都是说得少听得多，倒是美纪表现得更热情。当在观赏一场名为“乡愁”的画展时，一幅在飞弹市写生的风景画吸引了泷的注意。画上的湖和远处的山峦很像三叶家旁的湖泊。这勾起了泷心中朦胧的回忆。
今天的泷就像另外一个人，美纪以女性特有的直觉清楚的感受到泷喜欢着另外一个人。这一点，泷在约会结束后也不得不承认。送别美纪的泷傻傻的看着手机里的日记，三叶在日记的最后还写着约会结束时能看到彗星。可泷抬头看着黄昏的天空，除了飞机留下的轨迹，哪有慧星的影子。他想拔打三叶的电话，手机里只传来无法接通的提示。
泷一直想把约会结果告诉三叶，可自此以后再没有与三叶交换过身体。经过好几天失望的清晨，泷决定把记忆中的小镇风景画下来。湖水、高中、山峰、小桥，能记得起来的，都画了下来。在画下了记忆中的小镇后，泷背上行囊，手腕缠着红色丝带，踏上寻找三叶的旅程。
在车站，泷意外的看到了司和美纪这两人竟然让高木暂时代班，跑来和泷一起去见网友。泷随口的说辞，竟被他们当了真，然后萧臣也是来到了车站，泷拍了拍他的肩膀示意。
终于到了飞弹市，泷焦急的下了火车，沿途打听着画中的地点。现在他才后悔，在交换身体的那些日子里，也没好好问一下到底是在什么地方。三人胡乱的在飞弹地区寻找着，司和美纪一路上玩得非常开心，只有泷闷闷不乐。几天下来，根本没人知道画里是什么地方，最后连泷也开始怀疑是否找错了地方。
在一家拉面馆里，四人点了拉面，准备吃好就启程回东京。老板娘无意中看到泷的风景画，一眼就认出是糸守镇。老板就是在糸守镇出生长大，所以绝不会认错。可泷刚燃起的希望很快就被扑灭，三年前迪亚马特彗星已经把糸守镇毁了，他已经隐约感觉萧臣说的话是真的了。
拉面馆老板开车送四人来到当年的糸守高中，出入口还拉着警方的封锁线。远远看去，山下的糸守湖旁多了另一个湖，那就是当年彗星碎片砸出的陨石坑。周边房屋的废墟、车辆的残骸仍未清理，似乎在诉说着当时的惨状。如果不是这熟悉的校舍，连泷都不敢相信这就是几周前的小镇。他拿出手机，里面的日记能证明一切。但手机里的日记簿却是空空如也，好像什么都没发生过，萧臣看着那个大坑也是皱了皱眉，他也是在系守镇呆过不短的时间，镇子里的人们对他都很好，而且三叶那个单纯的小姑娘也是和他成了好朋友，萧臣想到这里下定决心一定要阻止彗星撞击系守镇，哪怕没有装逼值，萧臣在想完这些后就随着泷回东京去了。
心情沉重的泷回来，在图书馆里查阅了有关当年糸守镇灾难的资料。三年前，迪亚马特彗星在近地点意外爆裂出几小块碎片坠向地球。其他的碎片都在大气层中焚毁，只有最大的一块砸在地面，地点就在宫水神社旁。三分之一的小镇从地面消失，留下的只有巨大的陨石坑，成为了糸守湖的姊妹湖。因那天神社在举行秋日祭，所以死亡惨重，五百多人丧生。幸存的人搬离了小镇，糸守镇成了一座空城。在图书馆阵列的死难者名单里，泷赫然看到了宫水三叶的名字，外婆和妹妹未能幸免，敕使、早耶香也在其中。难道三叶在日记最后所说的彗星，就是那个让她离开人世的迪亚马特彗星？
晚上在旅馆里，泷仍不肯停歇，继续查找当年有关灾难的报导和资料。美纪看到糸守镇简介里有关结绳的介绍，发现泷的手腕上也缠着同样手工的红色丝带。对于这条丝带，泷只记得是多年前一个人送的，具体情况就说不清了。他的脑海里依稀想起外婆所说的，结绳是时间的流转。突然他想到了外婆曾带他去过的神体，那里有三叶的一部分，萧臣也是要和泷一起去寻找，因为他们是朋友嘛，虽然他现在可以穿越回2013年，但是这时候不出意外的话，系守镇应该已经被撞击了，所以穿越也没有什么用了。
第二天一大早，泷找到萧臣，两人踏上返回糸守镇的行程。巨石下的佛龛前，盛有口嚼酒的酒瓶已经长出了青苔。泷毫不犹豫的打开瓶盖喝下一口，只觉得身体越来越轻，意识慢慢模糊，三叶的记忆却逐渐清晰起来。
三叶在为泷安排了约会后，心里却有种失落和伤感。那一天，她下定决心去东京找泷。但在约定的车站前没有见到泷，因为她并不知道，约会是在三年后。三叶失望的来到地铁站，坐上去火车站的地铁。在车厢里，她看到了泷，泷却对她没有印象。到了火车站，在下车的人流中三叶鼓起勇气想告诉泷，她的名字。可拥挤的人流没有给她机会，三叶扯下头上的红结绳，远远的抛给了泷。回到小镇后，悲伤的三叶剪短了头发，穿上和服与敕使、早耶香一起参加秋日祭。她站在山坡上，看着天空中彗星璀璨的轨迹。不久彗星的碎片，如同火球一般砸向地面。
泷再次眼开了双眼，发现自己躺在三叶的房间里，他又回到了三叶的身体。泷不允许灾难发生，他要想办法拯救镇上的居民。
今晚的彗星会毁了小镇，这种话说出来没人会信。泷只能拉着敕使和早耶香帮忙，策划避难方案。敕使家的仓库里有炸药，晚上敕使和三叶负责炸毁镇变电站，在学校广播站打工的早耶香启用学校的备用电源，通过广播让居民向陨石波及范围之外的高中校园转移。敕使和三叶从变电站回来，就在街道上协助居民撤离。
一切计划好，个人分头准备。这么大的事，如果有镇长的支持，就能事半功倍。泷想利用三叶的身份劝说父亲，得到的却是父亲粗暴的拒绝。泷的火爆脾气差点挥拳打向镇长，他那愤怒的眼神，连三叶的父亲都察觉到眼前的女儿绝不是平时的三叶。从镇长办公室出来，泷听到居民相约在晚上的秋日祭见面，心急如焚。他想到或许真正的三叶能说服父亲，而三叶此时应当在山顶泷的身体里。
山顶上，三叶在泷的身体里苏醒。她诧异的看着四周，不清楚泷怎么会来这里，他先是看见萧臣站在他的旁边，然后他向萧臣打了招呼，萧臣在系守镇里是她为数不多的几个朋友中的一个，但是萧臣却让她看看周围是什么样子。当她爬出火山口，看到夕阳下小镇已不复存在，只有湖面反射着金色阳光。回想起当时世界末日般的场景，她就感到一阵寒意，两腿发软。
这时，身边传来呼唤的声音。在夕阳的余辉下，两个不同时间的人终于见面了，彼此的记忆回到了各自的身体。泷解下戴了三年的红结绳，物归原主。为了醒来时不再相忘，泷拿出笔，让三叶在他的掌心写下名字。但太阳落了下去，三叶拿着的笔也一同掉在了地面。掌心中仅有写了一笔的名字，泷想补全，可却怎么也想不起要写什么，也不记得自己到这来的原因。一切仿佛就这样结束。
飞奔下山的三叶也忘记了泷的名字，她的心里只记得要拯救镇上的居民。变电站按计划发生了爆炸，早耶香随即在学校广播室向全镇居民发出避难通知。三叶和敕使分头指挥人们撤离，可镇长很快就派人逮捕擅自播放广播的早耶香，连敕使也被发现炸药丢失的父亲抓住。镇长重新发布了通知，请居民不必惊慌，留在家中待命。
天空中的彗星开始分裂，明亮的轨迹旁分出一道细细的分叉。就在全世界人为之惊叹时，三叶心里明白这是灾难的开始。她不顾一切的冲进公镇所，面对几年未曾说过话的父亲。
今年是糸守镇大灾难的八周年祭，泷也不清楚为什么自己在五年前会关注这场灾难。从那会起，总会时不时的看看自己的掌心，好像会有什么东西写在上面。几年来，高中毕业大学毕业，然后就是找工作，在他的心里总觉得在寻找一个人，却始终想不起她的名字。
三叶在东京生活已经有五年了，在当年之后，她就搬到了东京，因为她感觉有人在东京等着她。只是在茫茫人海中，根本想不起他的名字。
快到圣诞了，纷纷细雨变成了漂落的雪花。泷的工作还没有着落，沮丧的坐在咖啡店里喝杯热咖啡。身后一对小情侣正在讨论结婚事宜，听到男友名叫敕使，泷的心中一凛。回头看时，小情侣已经手挽手离开了咖啡店。从店里出来，泷上了天桥。无意中泷看到从身旁走过的撑伞女孩，头发上扎着红结绳。他回身看了看，又疑惑的扭过头继续往家走，没有发现身后的女孩也回头看了他一眼。
冬去春来，又到樱花绽放时。泷照常乘拥挤的地铁上班，心不在焉的看着车门外飞快驰过的风景。突然，在相交过而的地铁上，泷看到一个女孩，就是这转瞬即逝的一眼让他确定那就是他在找的人。
地铁刚到下一站，泷就跑下来，沿着街道狂奔。在天桥的楼梯下，他看到天桥上气喘吁吁的女孩。三叶也看到了天桥下的男生，可期待已久的心愿又让她害怕认错了人。两人平静的从楼梯上擦身而过，就像普通的陌生人。泷鼓足勇气，转身向正在走下楼梯的三叶大声喊，是否在什么地方见过面。三叶的泪水忍不住夺眶而出，多年的心愿终于实现。这时，两人不约而同的问道，你的名字是…
“泷！”“三叶！”泷和三叶记起了双方的名字，最后来了一个深情的拥抱，而萧臣则是在旁边静静的看着，这两个跨越时空的恋人终于在一起了，他们的记忆全部都恢复了，这还是因为系统威慑那个低级主神才成功的，要问萧臣是怎么装逼的话，那就得从五年前说起了…
五年前，系守镇～萧臣看见彗星分裂后赶紧使用奥特意志变身，最终变身成为传说中的奥特曼—诺亚奥特曼，但是他当时没有想那么多，变身后就飞向了彗星的方向，日本的众人看见彗星分裂后都在计算彗星碎片将会在哪里降落，突然一个庞然大物飞向了彗星，众人发现那个庞然大物竟然是他们自己拍的奥特曼，纷纷拍照留念，然后他们看见那个“奥特曼”把彗星丢向更高的地方，来了一束终极射线把彗星碎片变成灰烬就一下在空中飞了下来，靖国神she都给踩毁了，而萧臣则是在感受接收装逼值时的**。
日本的民众看见萧臣把靖国神she给毁了也是没有怪萧臣，因为刚刚新闻传来消息，如果那个“奥特曼”不阻止彗星碎片的话，一个小镇将会成为历史，如果他们怪萧臣的话萧臣一定会说：冤枉啊，自己只是想装一下逼而已，根本不知道自己降的地方是哪里，只不过萧臣现在的装逼值突破了10000已经到了16000，所以他就准备回归了。
系统威胁那个废柴主神让那些人的这段记忆缺失，把三叶和泷的记忆保留，那个主神经受不住系统的威胁，所以就只能妥协了。
一个小巷里，萧臣再次看了看这个世界，也许以后会再来的吧。“系统，回归。”萧臣对系统说道。
“任务完成，开始回归，10、9、8、7、6、5、4、3、2、1……”
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