2004年日本，东木市
伴随着最后一道金色光幕落于涌现出象征恶的污泥之上，第五次圣杯战争结束。最后的大圣杯魔力溃散，分崩离析，连同着大空洞的地脉也已经无法再为大圣杯提供魔力。失去了魔力来源，仅仅剩余核心术式的破损大圣杯已经不可能再次发动。持续五次，跨越百年的冬木圣杯战争就此彻底终结。
即便如此，圣杯战争的秘密最终也还是公之于众。尽管官方对公众的解释是，自卫队发射的一颗导弹失控引起的爆炸波及了柳洞寺以及之下的大空洞，但是这次事件与十年前入海口的怪兽与特殊的火灾事件的相似性还是引起了不少人的注意。入们也不是傻子，那天晚上冬木市上空出现的那个孔与十年前影剧院附近上空那个奇异的东西一模一样，加之城市中有几位摄影师从不同角度拍摄了这同一奇异的景观，一时间三人成虎，人言可畏。
这么多年来，魔术协会时钟塔等一系列魔术师组织也不是吃白饭的。此前也有魔术师研究自己的魔术而毁掉整个小镇，而那个魔术师也被自己的儿子枪杀的恶性事件。还有魔术师为毁掉会对人类造成伤害的魔术产品而摧毁一整架航班导致整架航班都失联的悲剧。还有魔术师以遗产为名义召集其它魔术师以便杀死他们大夺取魔术回路。甚至还有更加严重的魔术事故。但是那些事件最后却都被魔术师协会压制为仅限于魔术师界才有可能得知一二的秘辛。这一次事件虽然说目击者多了一些，处理相对更麻烦一些，但总归还是可以压下来的，只是本来在魔术师界只有高层次的魔术师才能知道的 圣杯战争现在彻底曝光，近乎所有魔术师都知道了圣杯这一可以满足任何愿望的许愿器的存在。
从此以后几年之内，原先是仅仅在小的地方举行的小型圣杯战争，受冬木市圣杯战争的影响全部扩大化。最终，圣杯战争竟成为了全球魔术师的大战。只是那些圣杯却都不是真的。多次亚种圣杯战争中涌现出来的圣杯，要么就是未完成的赝品，要么不过只是一大团聚集浓厚的魔力。没有核心的假圣杯根本不支持胜利者实现他们的愿望。许多魔术师选择放弃圣杯，有些想继续的魔术师却因为多次举行圣杯战争造成的魔术师体系损害而不得不放弃。圣杯战争的风波也平息了下来，而小型的各种亚种圣杯战争仍在继续…
但，还有一小部分，质疑冬木的圣杯的真实性。这些人反而更加投身于圣杯的研究。于是这些人动身前往日本冬木，探寻已经被教会封锁的大空洞大圣杯残骸。而当他们见到大空洞时，面前的景象彻底的震惊了他们。大空洞内近乎空无一物，而被埃尔梅罗二世及他的一位优秀的宝石魔术弟子拆除并原地保护的核心术式的碎渣已经消失无踪，与之相对的是负责保护核心术式的几位魔术师的尸体残渣。而种种证据证明，有人入侵且只用了一击便造成了这一切并带走了术式……
大圣杯彻彻底底消失了，连同着那不可复制的圣杯的核心术式一同消失了。
这可不是什么好消息，连埃尔梅罗二世都来不及反应，他为保护那术式布下了一座大阵，而那座大阵竞然被毫无声息的损坏了。当然，时钟塔内的各位魔术师借机嘲讽他魔术水平不行，毕竟挨尔梅罗二世你作为君主魔术师的水平并不拔尖，他的能力在于发掘学生的潜力。但是当他把布下的大阵的名字说出来的时候，所有魔术师都意识到，这背后的阴谋大了━━"石兵八阵"。
"石兵八阵"，中国古代最奇异的caster，三国的谋略之神，赤壁的唤风者诸葛孔明在其一生中最得意的战阵，陷吴兵数万，有进无回，可使东吴百年不得西征，可谓最强的封阵。于大空洞内竟然被一击而毁。
得知这个消息后，整个魔术师界爆炸式沸腾。此时圣杯战争早已被推广，所有人都知道一个真正的圣杯的力量有多强大，尤其是冬木的圣杯，若是第三次冬木圣杯战争不出那意外，它就真的是一个能实现任何愿望的许愿机。现在术式丢失，这意味着有人要重新激活术式，即重开圣杯战争。
时钟塔和教会前往世界各地调查有关圣杯战争的的信息，可是此前的所有亚种圣杯却都如同从未出现过一样，除了圣杯战争失败者的死亡记录，所有有关圣杯战争的信息一夜之间消失了。几年后，在教会中有人生命为代价追寻了一些线索：在罗马尼亚，美国斯诺菲尔德和日本帝都三地的圣杯遗址留下了魔力痕迹，三处痕迹指向方向延长，最终交于一点━━华夏大地中国。
信息刚刚传回教会，另一条消息也传回了时钟塔。一段以白色玉璧为承载的魔音传回："贱民们，迷失于欲望的蝼蚁，朕将以万全之圣杯于龙脉静候，你们尽管来此见证，见证你们这些蝼蚁的消亡！"
魔术师界震荡，众位魔术师纷纷前往中国。而当他们到达中国，却发现了圣杯战争于此重开的迹象…
一场圣杯战争大战，于此时，此地，正式开战
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