行星天宁，是一颗十分平静的星球。不同的种族、不同的文明，在此繁衍生息。就这样，数万年过去了。
由于对星球的过渡开发，行星上的资源被消耗殆尽，土地荒漠化严重。作为一颗孕育生命的星球，天宁，即将迎来自己的死亡。
大部分居民选择逃离这颗即将死亡的星球，踏上选择新家园的旅途。与此同时，也有一小部分的科研人员坚信，这颗星球还有救，选择留了下来，用他们自己的科技力量，试图让这颗星球重获生机。他们成立了一个组织：再生会。
他们的工作包括并不限于：调查导致土地荒废的污染源，如何利用有限的资源去创造可循环利用的资源，培育能够在严酷环境下生存的动物与家畜……
那时，天宁并不算安全。繁殖性极强的怪物——机怪虫，在天宁上大为肆虐。为了对抗这些家伙，再生会制造了许多武装力量。战略兵器机械装甲，保护水源的圣殿骑士，以及能够适应各种危险环境、完成特种作业的精细化单元，R-S008，代号：丽丝。
然而，好景不长。没过多久，机械骑士，代号：大圣，暴走了。暴走的大圣摧毁了实验基地，几乎杀死了所有人。只剩丽丝一人，在绝望之际，她选择攻入大圣的主机之中，要与之同归于尽。
就在这时，一道神光从行星天宁深处迸发而出。手持巨大书本、宛如天神一般的少女，尤娜，降临了。她刚一出现，便制止了继续暴走的大圣，救下了丽丝。
从尤娜的口中，丽丝得知了一切：
在远古时期，一位神明，与其手下最心爱的伙伴——一条龙——掌管着这个星球的一切，平衡着创造之力与毁灭之力。但是，随着时间的流逝，两股力量逐渐失去平衡。神再也没有足够的力量维持双方的轮回运转，他用尽自己最后的力量，将代表破坏的毁灭之力，封印在星球的最深处。
用尽力量的神身死道消，化作守护这颗星球的圣物——键。
随后的时间里，由于没了神明的看护，星球上的各方黑暗势力开始搞事。不过好在，龙还活着。每当他们想搞事的时候，龙都会带着键，与星球上的文明者一同合作，解决掉搞事者。
就这样，不知过了多久，这颗星球一直非常和平。到了丽丝他们这个年代，神与大地的黑暗已经成为了无法考究的远古传说。此时，他们的科技已然发达到了不同的次元，一只团队，也就是之前的“再生会”，发掘出了失传已久的键。并通过研究键的结构，制造出了丽丝以及其他一系列武装。
为了对抗巨大的隐患——大地黑暗。再生会通过充分研究键的力量，制造出了七块圣灵宝石，并分配给圣殿骑士，以备将来面对终极的灾祸。
然而，这个实验的初号机还是暴走了。圣殿骑士们商议后，觉得是这个星球上的生灵对星球索取过去，才导致有这一劫，因此，并没有出手制止。他们随后作为文明的监控，一直默默关注着事态的发展。机怪虫，就是他们造出来监视文明的爪牙之一。
令众圣殿骑士没想到的是，键居然孕育出了一个全新的意识——少女尤娜，创世神的化身。继承了神的仁慈，相比于大肆破坏的初号机，她更倾向于用能量去创造新的生命。于是她制止了暴走的初号机，并将其能量核心拆开，融入自己的力量后，重铸成了七个圣遗物，分散在行星天宁的各个角落。
随着七个圣遗物的降落，神的恩惠遍布星球，大地重新焕发了生机。绿色的植被，再次出现在大地之上，相信再过不久，就又会形成一次文明演变吧？
谁都没想到的是，由于失去了伙伴，丽丝已经彻底歇斯底里了。她袭击了尤娜，妄图获取神的力量，将这颗让她父母般的造物主上升的星球彻底毁灭掉。慈悲为怀的尤娜自然不愿意看到这一幕，于是她封印了丽丝。可惜，由于丽丝的背刺，尤娜也身受重伤。她将自己的意识收入一件圣遗物，陷入了沉睡。
连尤娜都没料到，这一切居然在丽丝的计划之中。被尤娜封印的，只不过是丽丝的躯壳，她的灵魂早已脱离了战场。
尤娜的强大远远超出了丽丝的预料，她自知就算再打一次，哪怕尤娜处于重伤状态，自己也远远不是对手。加上自己只剩下灵魂，坚持不了多久。眼下最要紧的，是疗养。于是，几经波折后，丽丝找到了第一件圣遗物——圣杯。她潜入圣杯之中，借助圣杯的力量休养生息，并将自己伪装成圣杯意识所诞生的妖精，静静等待着复苏的一天。
再然后，不知道过了多少年。琴发现了圣杯，丽丝被唤醒，她连哄带骗地忽悠琴与道两兄妹踏上旅途，为的是达成自己多年的夙愿。
只可惜，随着琴自尽，丽丝的计划终究功亏一篑。失去了妹妹后，道痛不欲生，她抱着妹妹的遗体，缓缓离去。他想找到传说中能够起死回生的圣遗物——圣柜，让死去的妹妹复活过来。
看着如同行尸走肉般的道，香和芽都陷入了深深的沉默之中。道带着琴离去后，香也暂时离开了大家，芽最终也没能跟上道的步伐，脱队了。
与道被迫分开的香和芽，先找到了一个小小的村落歇脚。当地居民的热情让她们暂时走出了与道分离的失落。
但是，不知是意外还是巧合，在当地，她们听到了一个传闻——圣遗物圣柜，是守护封印之力的最后一把钥匙。一旦圣柜的力量耗尽，破坏之力便会破封而出，到时候，后果不堪设想。因此，必须阻止道的行动！
此时，独自行动的道，不知是不是得到了神明的庇护，他最终真的成功找到了圣柜，唤醒了琴！
可是……很快，他就发现了。醒来的，并不是自己的妹妹琴，而是一个完全不同的女孩。
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PS：唔——当初设置少了一个人，现在接不太上，所以卡文了-。-容我再缓几天
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